Μια από τις πρώτες πράξεις των Βενετών, όταν έγιναν κύριοι της Αθήνας, ήταν να συλλάβουν το Μητροπολίτη Μακάριο, να τον στείλουν στη Βενετία και να τον κλείσουν στη φυλακή με την κατηγορία της προδοσίας.
Στα αρχεία της Βενετίας βρίσκεται ένα σημείωμα, του Πάπα Βονιφατίου Θ΄ προς τον αντιπρόσωπό του στη Βενετία Γιλβέρτο Κατανόβα, που αναφέρει τα εξής χαρακτηριστικά: «Κάποιος Μακάριος, Έλληνας σχισματικός, αυτοκαλούμενος Επίσκοπος Αθηνών, που τον έκανε επίσκοπο ένας αυτοκαλούμενος Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως, είχε παραπείσει πολλούς ομοθρήσκους του να υποταχθούν στους Τούρκους, οι οποίοι με τη συνδρομή του καταλάβαν πολλά μέρη. Βρισκόμενος τώρα στην εξουσία της Βενετίας, όπου είναι φυλακισμένος, δεν έπαυσε τις μηχανορραφίες του υπέρ των απίστων. Ο Πάπας, λοιπόν, διατάσσει τον επίσκοπο να προκαλέσει δίκη επί του προκειμένου και του δίδει το δικαίωμα να επιβάλει κατά του Μακαρίου και άλλων τις θρησκευτικές ποινές που θα κρίνει αναγκαίες». Το περιεχόμενο της εντολής του Πάπα, ελάχιστα χριστιανικό, δείχνει την οξύτατη αντίθεση που υπήρχε μεταξύ Δυτικής και Ανατολικής Εκκλησίας και το ενδιαφέρον του Ποντίφηκος για την εξόντωση του Μακαρίου, ο οποίος φυλακίστηκε τότε στη Βενετία. Από τις φυλακές ο Μακάριος – είτε δραπέτευσε, είτε τον άφησαν – ξαναγυρίζει στην Αθήνα. Θα τον συναντήσουμε εκεί μετά οκτώ χρόνια.
Στο διάστημα της Βενετοκρατίας στην Αθήνα, που κράτησε οκτώ χρόνια (1395 – 1403), το Δουκάτο το κυβερνούσε «εν ονόματι» της Δημοκρατίας του Αγίου Μάρκου ένας Διοικητικός Επίτροπος (Podesta και Capitaneo) με δίχρονη θητεία. Επειδή όμως ο μισθός του ήταν πολύ μικρός (70 βενέτικες λίβρες), η θέση έμενε αζήτητη. Και στο τέλος βρήκαν τον Αλβανό Κονταρίνη και τον έκαναν Διοικητή του Δουκάτου, που στην πραγματικότητα δεν ήταν παρά μόνο η Αττική. Τη Βοιωτία την κρατούσε ο νόθος γιος του Νερίου Αντώνιος Ατζαγιόλι, την Κόρινθο ο Παλαιολόγος, τα Μέγαρα ο Τόκκος, το Ναύπλιο και το Άργος η Βενετία.
Από τις εκθέσεις του Podesta και από πληροφορίες περιηγητών και άλλων, μαθαίνουμε ότι, στην οκταετία της βενετικής κυριαρχίας η Αθήνα είχε περίπου 1.000 οικογένειες, δηλαδή 5.000 – 6.000 κατοίκους. Την ίδια εποχή η Κόρινθος παρουσιάζεται με μερικά φτωχά σπίτια που τα κατοικούσαν 50 μόνο οικογένειες και τα Μέγαρα με 80 σπίτια. Τα έσοδα από το Δουκάτο ήταν λίγα και δεν έφθαναν για τη διοίκηση. Οι επίτροποι αναγκάζονταν να παίρνουν δάνεια από τη Βενετία για να επισκευάζουν τα τείχη στην Ακρόπολη. Πολύ μικρή ήταν η φρουρά που διαθέταν οι Βενετοί για το κάστρο της Αθήνας. Δύο αξιωματικοί πυροβολητές, που έκαναν συγχρόνως και καθήκοντα φρουράρχου και 20 στρατιώτες. Σε περιόδους πολεμικής ανάγκης, ενίσχυαν την Ακρόπολη τα στρατεύματα που στέλναν οι κοντινές κτήσεις της Βενετίας και ιδίως η Εύβοια. Στην Ακρόπολη μέναν ο Καθολικός Μητροπολίτης και ο Διοικητής, που κατοικούσε στο μέγαρο που είχε προσθέσει στα Προπύλαια ο Νέριος Ατζαγιόλι.
Ο Ιταλός νοτάριος Νικόλαος Μαρτόνι, που βρέθηκε στην Αθήνα το Φεβρουάριο του 1395, μας πληροφορεί ότι, ο οδηγός που τον συνόδευε του έδειξε σε μια κολώνα του Παρθενώνος ένα σταυρό. Τον είχε χαράξει ο Διονύσιος Αρεοπαγίτης, τη στιγμή που σταύρωναν το Χριστό και έγινε μεγάλος σεισμός. Από τον ίδιο μαθαίνουμε και τα εξής αμίμητα: τις πόρτες του Παρθενώνος τις είχαν φέρει από την Τροία, μετά τον Τρωικό πόλεμο. Μέσα στο ναό είδε την εικόνα της Παναγίας, που την είχε ζωγραφίσει ο Απόστολος Παύλος και το Ευαγγέλιο που το είχε γράψει «ιδιοχείρως» η Αγία Ελένη! … Ο Μαρτόνι επισκέφθηκε το Στάδιο και το σπίτι του Αδριανού (Ναός Ολυμπίου Διός), που είχαν μείνει μόνο 25 κολώνες. Επίσης τη «Σχολή του Αριστοτέλους» – ίσως να εννοούσε τη Βιβλιοθήκη του Αδριανού – από την οποία, όπως γράφει, «ερρόφων και απεκόμιζον σοφίαν οι συχνάζοντες». Παραπονείται ο Ιταλός νοτάριος, γιατί στην Αθήνα δεν υπήρχε ούτε ένας ξενώνας. Και ευτυχώς γι’ αυτόν, που τον φιλοξένησε ο Καθολικός Επίσκοπος και τον έσωσε από την πείνα, γιατί ψωμί δεν εύρισκε ούτε να αγοράσει, ούτε δωρεάν του προσφέραν. Μας πληροφορεί επίσης ότι στην Αθήνα δεν υπήρχαν άλογα, παρά μόνο μουλάρια. Ο Μαρτόνι και άλλοι μας πληροφορούν ότι, η πόλη βρισκόταν στα βορειο – δυτικά της Ακροπόλεως. Προφανώς, μέσα στον περιτειχισμένο μικρότερο περίβολο το ταξίδι από την Κόρινθο στην Αθήνα διά ξηράς ήταν επικίνδυνο. Οι Τούρκοι πειρατές έκαναν συχνές επιδρομές στα παράλια της Αττικής και ιδίως στην Ελευσίνα και το Πόρτο Ράφτη. Φοβεροί ήταν και οι Αρβανίτες του Ωρωπού. Τους αναφέρουν για ληστές χειρότερους και από τους Τούρκους.
Εισβολή Αντωνίου Ατζαγιόλι στην Αττική.
Από την κατάσταση αυτή και τη βενετική κακοδιοίκηση δεν ήταν ευχαριστημένοι οι κάτοικοι. Οι διαμαρτυρίες τους φθάναν ως τη Βενετία. Σε ένα έγγραφο της Γερουσίας της Βενετίας δίνονται εντολές στον Επίτροπο, να ανακοινώσει με κήρυκες στο λαό ότι, όποιος έχει παράπονα να τα καταγγέλλει στους «Συνδίκους» της Χαλκίδος και του Ναυπλίου. Οι «Σύνδικοι» εκτελούσαν χρέη διοικητικών επιθεωρητών. Από όλους όμως τους επιδρομείς ο πιο τολμηρός και ο πιο επικίνδυνος για τη βενετική διοίκηση της Αθήνας ήταν ο Αντώνιος Ατζαγιόλι. Είχε βάλει πρόγραμμα να γίνει Δούκας. Και ακολουθώντας το παράδειγμα του πατέρα του, άρχισε με συχνές επιδρομές και με τη βοήθεια των Τούρκων, να κλονίζει την κυριαρχία της Βενετίας στην Αθήνα. Οι επιδρομές του ήταν και ανέξοδες. Στους Τούρκους δεν πλήρωνε τίποτε. Τους φθάναν τα όσα μάζευαν από τις λεηλασίες που κάναν. Επανειλημμένως ο Επίσκοπος ζήτησε να εξουδετερώσει τις επιδρομές του Αντωνίου. Η Γερουσία όμως, απασχολημένη με σοβαρότερες περιπλοκές στο εσωτερικό της Ιταλίας, δεν μπόρεσε να δώσει αποτελεσματική βοήθεια στο Δουκάτο της Αθήνας. Ο Αντώνιος Ατζαγιόλι, βλέποντας την αδυναμία της Βενετίας, παραλαμβάνει τους συμμάχους του Τούρκους και εισβάλλει στην Αττική. Καταλαμβάνει την Αθήνα και πολιορκεί την Ακρόπολη. Οι περισσότεροι Αθηναίοι τον βοήθησαν. Διατηρούσαν καλή ανάμνηση από τον πατέρα του Νέριο και τον προτιμούσαν από τους Βενετούς, αφού η μητέρα του ήταν Αθηναία και ο ίδιος είχε πάρει ελληνική ανατροφή και μιλούσε ελληνικά. Τον έβλεπαν σα λίγο Έλληνα. Και την εποχή εκείνη είχε αρχίσει να σημειώνεται μια ανάταση του εθνικού φρονήματος, όπως φάνηκε και από τις επαναστατικές ενέργειες των δύο μητροπολιτών. Οι Αθηναίοι ξυπνούσαν από το λήθαργο των μεσαιωνικών χρόνων…
Αν η κατάληψη της ανοχύρωτης Αθήνας πραγματοποιήθηκε εύκολα από τον Αντώνιο Ατζαγιόλι, η Ακρόπολη παρουσίαζε πολύ μεγαλύτερες δυσκολίες. Γι’ αυτό αναγκάστηκε να την πολιορκήσει. Στη Βενετία, όταν έφθασε η πληροφορία της επιδρομής του Αντωνίου, αποφάσισαν να λάβουν έκτακτα μέτρα. Έδωκαν εντολή στους Βαΐλους της Ευβοίας και του Ναυπλίου, καθώς και στο ναύαρχο του βενετικού στόλου, να ετοιμάσουν εκστρατεία και να διώξουν τον Αντώνιο. Συγχρόνως τον επικήρυξαν με 8.000 υπέρπυρα αν πιαστεί ζωντανός και 5.000 αν τον παραδώσουν σκοτωμένο. Ο Βάιλος της Ευβοίας ετοίμασε στρατό και από τη γέφυρα της Χαλκίδος μπαίνει στη Βοιωτία με 6.000 άνδρες και κατευθύνεται στη Θήβα. Όταν το πληροφορήθηκε ο Αντώνιος, αφήνει στην Αθήνα λίγες δυνάμεις να συνεχίσουν την πολιορκία και με το μεγαλύτερο μέρος του στρατού του πιάνει μια στενωπό. Και ενώ περνούσε ανύποπτος ο στρατός των Βενετών από τη στενωπό, τους επιτίθεται, με πολύ μικρότερες δυνάμεις, και τους εξοντώνει. Πιάνει αιχμάλωτο το Βάιλο Νικόλαο Βαλαρρέσο, που είχε ετοιμάσει την εκστρατεία. Ο νικητής Αντώνιος ξαναγυρίζει στην πολιορκουμένη Ακρόπολη. Οι υπερασπιστές της, ύστερ’ από ενάμισυ χρόνο πολιορκίας, αναγκάζονται, από την έλλειψη τροφίμων να παραδοθούν (1403). Η Βενετία, έπειτ’ από διαπραγματεύσεις που κράτησαν τρία χρόνια, συνθηκολογεί με τον Αντώνιο Ατζαγιόλι και τον αναγνωρίζει για Δούκα της Αθήνας υπό την επικυριαρχία της. Φρόντισε όμως, στη συνθήκη που συνομολόγησε, να βάλει ρητό όρο, που τον υποχρέωσε να απελάσει από τη χώρα του το Μητροπολίτη Μακάριο, «προδοτικό εχθρό του Χριστιανισμού». Φαίνεται πως ο Μακάριος, που είχε ξεφύγει από τις φυλακές της Βενετίας, βρισκόταν στην Αθήνα και εργαζόταν εναντίον των Βενετών και του Πάπα. Από τότε χάνονται τα ίχνη του γενναίου Μητροπολίτη.
