Το 1435 πέθανε αιφνηδίως ο Αντώνιος Ατζαγιόλι από αποπληξία. Νόμιμοι διάδοχοί του ήταν οι δύο υιοθετημένοι γιοι του Νέριος και Αντώνιος. Υπήρχαν όμως και δύο άλλοι μνηστήρες του Δουκάτου: ο Δεσπότης του Μυστρά Κωνσταντίνος Παλαιολόγος, που φιλοδοξούσε να επεκτείνει το ελληνικό δεσποτάτο του σε ολόκληρη την κυρίως Ελλάδα και η χήρα του Αντωνίου Μαρία Μελισσηνή.
Ο Παλαιολόγος βολιδοσκόπησε τη Μαρία Μελισσηνή, με το Γεώργιο Φραντζή, τον ιστορικό του Βυζαντίου, αν θα ήθελε να της παραχωρήσει εκτάσεις στη Λακωνική αντί του Δουκάτου της Αθήνας. Η φιλόδοξη όμως γυναίκα του Αντωνίου, που ήθελε για λογαριασμό της το Δουκάτο, δεν έδωκε συνέχεια στις προτάσεις του Παλαιολόγου. Απεναντίας, έστειλε τον Αθηναίο συγγενή της Γεώργιο Χαλκοκονδύλη, με 30.000 χρυσά νομίσματα, στο σουλτάνο Μουράτ Β΄ στην Αδριανούπολη, για να την αναγνωρίσει νόμιμο διάδοχο του άντρα της και να γίνει υποτελής στους Τούρκους. Ο Μουράτ δε δέχτηκε την πρόταση και φυλάκισε το Χαλκοκονδύλη.
Μετά την αποτυχία της στο σουλτάνο, η Μαρία απευθύνεται στον Παλαιολόγο. Δέχεται να του παραδώσει το Δουκάτο με τα ανταλλάγματα της Πελοποννήσου. Τον προτιμούσε από το Νέριο Ατζαγιόλι, που το διεκδικούσε επίσης. Ο Παλαιολόγος στέλνει στρατιωτικές δυνάμεις στην Αθήνα με το Φραντζή, για να ενισχύσουν τη Μαρία που είχε κλειστεί στην Ακρόπολη. Στη διαμάχη για τη διαδοχή, λαμβάνει μέρος και ο πληθυσμός της Αθήνας. Είχε χωριστεί σε δύο μερίδες. Οι περισσότεροι ήθελαν την Ελληνίδα Μελισσινή, από το Φλωρεντινό Ατζαγιόλι. Υπήρχαν όμως και αντίθετοι. Αλλά τη λύση, στο ζήτημα της διαδοχής, την έδωκε ο σουλτάνος Μουράτ, που προτίμησε για άρχοντα της Αθήνας τον αδύναμο Ατζαγιόλι, που θα μπορούσε εύκολα να τον διώξει, από τον ισχυρό Παλαιολόγο. Συγχρόνως ο Μουράτ, για να εξυπηρετήσει και τα κατακτικά του σχέδια, στέλνει ισχυρές δυνάμεις τουρκικού στρατού, υπό την αρχηγία του Τουρχάν, να καταλάβουν τη Θήβα. Η Μαρία, είτε γιατί φοβήθηκε την προέλαση του τουρκικού στρατού, είτε για άλλους λόγους, εγκαταλείπει την Ακρόπολη. Νέα προσπάθεια του Παλαιολόγου, μέσω του Φραντζή, προς το σουλτάνο Μουράτ αποτυγχάνει. Και ο Νέριος Β’ Ατζαγιόλι γίνεται τότε Δούκας της Αθήνας, φόρου υποτελής στους Τούρκους. Την εκλογή του την υποστήριζαν, επίσης, η Βενετία και ο Πάπας. Και οι δύο ήταν φυσικό να τον προτιμούν από τον Παλαιολόγο.
Ο Δούκας της Αθήνας υποτελής στους Τούρκους.
Ο νέος Δούκας Νέριος Β’ ήταν ασθενικός και στις ημέρες του (1435 – 1451) δε σημειώθηκε καμμία πρόοδος στο δουκάτο του. Ούτε ήταν εύκολο να σημειωθεί, όταν τυπικά και ουσιστικά ήταν υποτελής στους Τούρκους. Ο Χαλκοκονδύλης μάλιστα τον χαρακτηρίζει «θηλυδρίαν και μαλθακόν». Ίσως για τα δύο αυτά ελαττώματά του, να παραμερίστηκε (1437) από το δυναμικότερο αδελφό του Αντώνιο Β΄. Ο νέος Δούκας, όχι μόνο έμεινε υποτελής στο σουλτάνο, αλλά έστειλε όμηρο στο χαρέμι του Μουράτ και τον ανήλικο γιο του Φράγκο. Μετά το θάνατο (1441) του Αντωνίου Β΄, οι Αθηναίοι προτίμησαν να ξαναφέρουν στο Δουκάτο το Νέριο Β’, που είχε κυβερνήσει τη χώρα αντί του ανήλικου και χαρεμοδίαιτου Φράγκου.
Η επιστροφή του Νερίου Β’ στην Αθήνα συμπίπτει με την εξόρμηση του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου, του τελευταίου κατόπιν αυτοκράτορα του Βυζαντίου, για την απελευθέρωση της κυρίως Ελλάδος. Με πρωτεύουσα το Μυστρά, που του παραχώρησε (1433) ο αδελφός του Θωμάς, κατόρθωσε να γίνει κύριος στο μεγαλύτερο μέρος της Πελοποννήσου. Εξορμά από τον Ισθμό, καταλαμβάνει τη Θήβα και τη Λιβαδειά και φθάνει ως τον Όλυμπο και την Πίνδο. Συγχρόνως οι Τούρκοι δέχονται καίρια πλήγματα από το Σκεντέρμπεη και από τους Ούγγρους και Πολωνούς, με αρχηγό των ηρωικό Ουνυάδη. Στη μάχη της σερβικής Νίσσας (1433) ο τουρκικός στρατός νικήθηκε. Ο Νέριος Β’ Ατζαγιόλι δέχτηκε να υπογράψει συνθήκη συμμαχίας με τον Κωνσταντίνο Παλαιολόγο και να αναγνωρίσει την επικυριαρχία του στο Δουκάτο της Αθήνας. Αλλά σύντομα υποχρεώθηκε από το σουλτάνο Μουράτ, να ξαναγυρίσει στην υποτέλειά του στους Τούρκους. Και μετά την τουρκική νίκη στη μάχη της Βάρνας (1446) ο Μουράς, ήσυχος πια από τη Δύση, στρέφεται κατά του Κωνσταντίνου Παλαιολόγου. Ο τελευταίος οχυρώνεται στο τείχος του Ισθμού της Κορίνθου, το λεγόμενο «Εξαμίλιον». Παρά την ηρωική αντίσταση του Παλαιολόγου, οι Τούρκοι έγιναν κύριοι του τείχους του Εξαμιλίου (1446) και εισβάλαν στην Πελοπόννησο. Τη νίκη τους χρωστούσαν στα πυροβόλα όπλα, που για πρώτη φορά χρησιμοποιήθηκαν στην Ελλάδα και προκάλεσαν πανικό στους υπερασπιστές του Εξαμιλίου. Ο Παλαιολόγος αναγκάστηκε τότε να συνθηκολογήσει με το Μουράτ (1447) και να του δηλώσει υποτέλεια. Μετά δύο χρόνια, ο Κωνσταντίνος Παλαιολόγος διαδέχεται τον αδελφό του Ιωάννη στο θρόνο του Βυζαντίου, ενώ τον Μουράτ τον διαδέχεται (1451) ο Μωάμεθ Β . θα είναι οι δύο πρωταγωνιστές στην τελευταία πράξη που θα παιχθεί στο Βυζάντιο.
Συγχρόνως με το Μουράτ πεθαίνει (1451) και ο Δούκας της Αθήνας Νέριος Β’ Ατζαγιόλι. Τον διαδέχεται ο γιος του Φραγκίσκος. Κι’ επειδή ήταν ανήλικος, τον επιτροπεύει η μητέρα του Κιάρα. Ο Φραγκίσκος με τον εξάδελφό του Φράγκο – το γιο του Αντωνίου Β’ – που παραμένει ακόμη στο χαρέμι του σουλτάνου, θα είναι οι δύο τελευταίοι δούκες της Αθήνας. Η εποχή τους θα συνδεθεί με μεγάλα οικογενειακά δράματα και μεγαλύτερα ακόμη κοσμοϊστορικά γεγονότα. Με την πτώση της Κωνσταντινουπόλεως (1453), που θα την ακολουθήσει η εξαφάνιση των Φράγκων από την Ελλάδα.
Η τραγωδία των τελευταίων Ατζαγιόλι.
Η τραγωδία αρχίζει με πρωταγωνίστρια την Κιάρα. Η χήρα του Νερίου Β’ ερωτεύεται ένα νεαρό Βενετό αριστοκράτη, το Βαρθολομαίο Κονταρίνι, που ήταν περαστικός από την Αθήνα για εμπορικές δουλειές. Αλλά το ειδύλλιο της Κιάρας έπρεπε μοιραία να τελειώσει, γιατί ο Κονταρίνι ήταν παντρεμένος. Και τότε η ερωτευμένη Δούκισσσα τον πείθει να πάει στη Βενετία και να δηλητριάσει τη γυναίκα του, για να μπορέσουν να παντρευτούν και να τον κάνει συγκυβερνήτη στο Δουκάτο. Ο Κονταρίνι συμμορφώθηκε με την επιθυμία της Κιάρας. Οι δηλητηριάσεις την εποχή εκείνη στην Ιταλία ήταν κάτι το συνηθισμένο. Και ένα πρωί η νεαρά και ανύποπτη γυναίκα του Κονταρίνι βρέθηκε πεθαμένη. Με μεγάλη επισημότητα έκανε την κηδεία της στη Βενετία ο δολοφόνος σύζυγος. Και με άλλη τόση, επισημότητα και μεγαλοπρέπεια, έκανε και στην Αθήνα τους γάμους του με την Κιάρα.
Οι Αθηναίοι είδαν με απέχθεια την παρουσία του Κονταρίνι στην κυβέρνηση του Δουκάτου. Παραπονέθηκαν στο σουλτάνο για όσα είχαν γίνει, εκφράζοντας συγχρόνως και τους φόβους τους για τη ζωή του νεαρού δούκα Φραγκίσκου. Ο Μωάμεθ Β΄, που προ ολίγου είχε πάρει την Κωνσταντινούπολη, βρήκε την ευκαιρία να αναμιχθεί ενεργά στα ζητήματα του Δουκάτου της Αθήνας. Και ζήτησε εξηγήσεις από την Κιάρα και τον Κονταρίνι. Αλλά τότε επεμβαίνει ο «ευνοούμενος» του Μωάμεθ Φράγκος Ατζαγιόλι, που βρισκόταν ακόμη στην αυλή του σουλτάνου, και ζητάει να τον στείλει Δούκα στην Αθήνα. Ο σουλτάνος με ευχαρίστηση άκουσε την πρόταση του Ατζαγιόλι. Αντί του Βενετού Κονταρίνι, ήταν προτιμότερο να έχει στη διοίκσηη του Δουκάτου ένα τυφλό όργανό του και, κατά το Χαλκοκονδύλη, «παιδικόν αυτού γενόμενον, ως λέγεται». Και ο Μωάμεθ παύει την Κιάρα και διορίζει Δούκα της Αθήνας το Φράγκο Ατζαγιόλι (1455). Οι Αθηναίοι με ενθουσιασμό υποδέχονται το νέο Δούκα, που η γυναίκα του ήταν Ελληνίδα, η ωραιοτάτη Μουχλιώτισσα, κόρη του άρχοντα του Μουχλίου Δημητρίου Ασάνη.
Με την εγκατάσταση του Φράγκου αρχίζει η δεύτερη πράξη του δράματος των τελευταίων Ατζαγιόλι. Η Κιάρα φυλακίζεται και στραγγαλίζεται, κατά διαταγή του ανεψιού της, στη φυλακή των Μεγάρων, όπου την είχε εξαποστείλει, μόλις έγινε άρχοντας της Αθήνας. Η λαϊκή όμως φαντασία τοποθετεί το στραγγαλισμό της Κιάρας στο Μοναστήρι του Δαφνιού και όχι στα Μέγαρα. Σύμφωνα με την «αθηναϊκή παράδοση», που την αναφέρει ο Δ. Καμπούρογλου στα «Μνημεία της Ιστορίας των Αθηναίων», ο ίδιος ο Φράγκος την στραγγάλισε μέσα στην εκκλησία του Δαφνιού. Εκεί την βρήκε να προσεύχεται: «… και την ηύρε ολομόναχη γονατιστή» λέγει η παράδοση «στο ιερό και παρακάλαγε την Παναγία για τη ζωή της, και δεν την ελυπήθηκε ο αθεόφοβος, μόνο ‘χύμηξεν απάνω της και την έπνιξε με τα χέρια του και έπειτα της έκοψε και το κεφάλι με το σπαθί του».
Οι Τούρκοι καταλαμβάνουν την Αθήνα.
Μετά τη δολοφονία της Κιάρας, ο άντρας της Κονταρίνι, που βρισκόταν τότε στη σουλτανική αυλή, διαμαρτυρήθηκε στο σουλτάνο για το έγκλημα. Και ο Μωάμεθ έδωκε εντολή στον Ομαρ, το γιο του Τουρχάν, να καταλάβει την Αθήνα. Ισχυρός τουρκικός στρατός φθάνει με τον Ομάρ στην Αθήνα τον Ιούνιο του 1456. Πρώτα καταλαμβάνει την πόλη και έπειτα από αντίσταση μερικών ημερών ή μηνών και την Ακρόπολη. Η παράδοση του κάστρου έγινε ύστερ’ από συμφωνία του Ομάρ με το Φράγκο και με την έγκριση του Μωάμεθ. Ο Φράγκος θα έπαιρνε τα αγαθά του και θα πήγαινε στη Θήβα, που θα ήταν η πρωτεύουσα του Δουκάτου του. Οι Τούρκοι, κατά τη συνήθειά τους, λεηλάτησαν αγρίως την Αθήνα. Μεγάλη καταστροφή έπαθε το γραφικό και κατάφυτο χωριό Σεπόλια. Τότε το έλεγαν Σωπόλια. Οι αθηναϊκές παραδόσεις συνοδεύουν την κατάληψη της Αθήνας από τους Τούρκους με «σημεία και τέρατα», που ήταν ο προάγγελος της συφοράς. Με τρομερή σιτοδεία, με φυσικά και ουράνια φαινόμενα και με έναν αστέρα που φάνηκε στον ουρανό «εκβλύζων ώσπερ καπνόν εις μήκος επί πολλάς ημέρα».
Το τέλος της Φραγκοκρατίας.
Με τον Φράγκο και την ωραία Μουχλιώτισσα θα παιχθεί η τελευταία πράξη από το δράμα των Ατζαγιόλι. Ο ατυχής Φράγκος, που ξαναβρέθηκε στη Θήβα, την παλαιά πρωτεύουσα του Δουκάτου, έβλεπε πως η θέση του δεν ήταν καθόλου εξασφαλισμένη. Και έγραψε στον πανίσχυρο Δούκα του Μιλάνου Φραγκίσκο Σφόρτσα να τον δεχτεί στην υπηρεσία του. Συγχρόνως προσπάθησε να έλθει σε επαφή με ξένους ηγεμόνες, για να τον βοηθήσουν να διώξει τους Τούρκους. Τα σχέδιά του τα ευνοούσαν και πολλοί Αθηναίοι, που ήταν σε συνεννόηση μαζί του. Οι κινήσεις όμως του Φράγκου, φαίνεται, πως καταδόθηκαν στο Μωάμεθ. Και ο σουλτάνος έδωκε εντολή να συλλάβουν και να στείλουν ομήρους στην Κωντινούπολη δέκα Αθηναίους, από τους πλουσιότερους και να δολοφονήσουν το Δούκα. Και ευθύς αμέσως σκηνοθετήθηκε η δολοφονία. Ο Φράγκος πήρε εντολή από το Μωάμεθ να πάει στην Πελοπόννησο με το βοιωτικό ιππικό και να συναντήσει το Ζαγανό πασά της Πελοποννήσου. Και μια μέρα που ο Φράγκος είχε πάει να δει το Ζαγανό, για να συζητήσουν διάφορα ζητήματα, τον δολοφόνησαν (1460) οι σωματοφύλακες του πασά.
Ο Μωάμεθ, μετά τη δολοφονία του Φράγκου, πήρε στο χαρέμι του την ωραία Μουχλιώτισσα και τους τρεις ανήλικους γιους του, Ματθαίο, Ιάκωβο και Γαβριήλ, που εξισλαμίστηκαν και χάθηκαν πια τα ίχνη τους. Στην αυλή του σουλτάνου υπηρετούσε ένας Έλληνας αρνησίπατρις λόγιος, ο Γέωργιος Αμοιρούτσης, που είχε αποκτήσει μεγάλη επιρροή στο Μωάμεθ. Ο Αμοιρούτσης ερωτεύθηκε τη Μουχλιώτισσα και την ζήτησε από το σουλτάνο για να την παντρευτεί. Ο Μωάμεθ δεν είχε αντίρρηση. Εναντιώθηκε όμως στο γάμο ο τότε Πατριάρχης Ιωάσαφ (1463 – 1467), επειδή ο Αμοιρούτσης ήταν παντρεμένος. Ο ερωτευμένος Αμοιρούτσης ζήτησε την επέμβαση του σουλτάνου. Αλλά και πάλι ο Πατριάρχης έμεινε ανένδοτος. Και τότε ο Μωάμεθ, με την παρακίνηση του Αμοιρούτση, καθαιρεί τον Πατριάρχη και του κόβει και τα γένεια. Συγχρόνως, έδωκε εντολή να καθαιρέσουν και το Μεγάλο Εκκλησιάρχη Μάξιμο, που είχε ενισχύσει τον Πατριάρχη στην άρνησή του και να του κόψουν, όχι μόνο τα γένεια, αλλά και τη μύτη. Ο Πατριάρχης, που διαδέχθηκε τον Ιωάσαφ, αρνήθηκε επίσης να δώσει άδεια γάμου. Και ο άθλιος Αμοιρούτσης εξακολούθησε να συζεί παράνομα με την τελευταία Δούκισσα της Αθήνας. Μαζί με αυτούς τελειώνει και η Φραγκοκρατία στην Αττική. Μια καινούργια περίοδος, εξ ίσου θλιβερή όσο και η προηγούμενη, αρχίζει για τους Αθηναίους: η εποχή της Τουρκοκρατίας. Τώρα θα γίνουν από δουλοπάροικοι των Φράγκων, δούλοι των Τούρκων…