Η παράταση του πολέμου ήταν φυσικό να κουράση τους Αθηναίους και ν’ αναζητούν κάποια λύση, χωρίς όμως να μπορούν να την προσδιορίσουν. Από την αβεβαιότητα αυτή ζήτησαν να επωφεληθούν οι Μυστικές Εταιρείες. Και αφίνοντας το παρασκήνιο, αποφάσισαν να δράσουν φανερά στο προσκήνιο.
Την αρχή των Μυστικών Εταιρειών θα πρέπει να την αναζητήσουμε σε παλαιότερα χρόνια. Υπήρχαν τέτοιες Εταιρείες από την εποχή των Περσικών πολέμων. Τις αποτελούσαν παλιοί αριστοκράτες Αθηναίοι, που ήταν αντίθετοι στο δημοκρατικό πολίτευμα. Ζητούσαν να εγκαταστήσουν το ολιγαρχικό πολίτευμα με οποιαδήποτε μέσα. Οι Εταιρείες ήταν μυστικά οργανωμένες, κατά περιφέρειες και ομίλους. Όσοι κατατάσσονται σ’ αυτές αναλαμβάνουν με όρκο την υποχρέωση να αλληλοϋποστηρίζωνται στις δίκες, στις αρχαιρεσίες και να εκτελούν ακόμη και με θυσία της περιουσίας και της ζωής των, τις εντολές που θα παίρνουν. Όσο η δημοκρατία δυναμώνει στην Αθήνα, τόσο οι Μυστικές Εταιρείες γίνονται πιο συνωμοτικές και πιο φανατικές εναντίον του καθεστώτος. Συμπαθούσαν τους Σπαρτιάτες για το πολίτευμά τους και καθώς γράφει ο Γερμανός ιστορικός Κούρτιος «ήσαν πρόθυμοι να προδώσουν την τιμή και ανεξαρτησίαν της πατρίδος των».
Ως την εποχή του Περικλή οι Μυστικές Εταιρείες δεν αποτελούσαν κανένα κίνδυνο για το πολίτευμα. Ο αριθμός των μελών τους ήταν περιορισμένος. Από την εποχή όμως του Κλέωνος και των δημαγωγών, άρχισαν να ενισχύωνται. Πολλοί φιλήσυχοι Αθηναίοι, που τους τρόμαζε η παντοδυναμία του πλήθους στην Αγορά, παρασύρονται και γίνονται μέλη Εταιρειών ή το λιγότερο ανεκτικοί απέναντί τους. Στις Μυστικές Εταιρείες ανήκαν και πολλοί ιερείς. Από τα γνωστά μέλη ήταν ο Άγνων, ο πατέρας του Θηραμένη και κατήγορος του Περικλή στη δίκη του, ο Αντιφών και ο Αρχιπτόλεμος. Από τους νεώτερους μεγάλη δραστηριότητα έδειχνε ο Πείσανδρος. Κατά τους βιογράφους του «ήτο διαβόητος εν Αθήναις επί τρυφή και ασελγεία· προς δε τούτοις ήτο εκ φύσεως δολοπλόκος και δεινότατος περί το υποκρίνεσθαι».
Συνεννοήσεις με τον Αλκιβιάδη.
Οι Μυστικές Εταιρείες μισούσαν τον Αλκιβιάδη. Στη δίκη των «Ερμοκοπηδών» ήταν οι κύριοι κατήγοροί του και πιθανότατα οι οργανωτές της εναντίον του σκευωρίας. Αλλά οι Μυστικές Εταιρείες δεν ενδιαφέρονται για τα μέσα που χρησιμοποιούν, παρά μόνο για τους σκοπούς που επιδιώκουν. Πολλές φορές στην Εκκλησία του Δήμου υποστηρίζουν τους δημαγωγούς και την οχλοκρατία, αρκεί να φθείρουν τη δημοκρατία. Γι’ αυτό δε δυσκολεύτηκαν να στείλουν τον Πείσανδρο στη Μαγνησία για να συνεννοηθή με τον εχθρό τους Αλκιβιάδη. Σύμφωνα με το σχέδιο των Εταιρειών, ο Αλκιβιάδης θα γύριζε στην Αθήνα, φέρνοντας μαζί του και περσικό χρήμα, για να καταργήση τη δημοκρατία και να επιβάλη ολιγαρχικό πολίτευμα. Όταν ο Πείσανδρος τα συμφώνησε με τον Αλκιβιάδη, έκρινε σκόπιμο να συνεννοηθή και με μερικούς ολιγαρχικούς αξιωματικούς της αθηναϊκής στρατιάς που ναυλοχούσε στη Σάμο. Ο γνωστότερος από αυτούς ήταν ο στρατηγός Φρύνιχος. Είχε ξεκινήσει από τσοπάνης και έφθασε στρατηγός, χάρη στην εξυπνάδα του, στην πανουργία του , στις δολοπλοκίες που χρησιμοποιούσε διαρκώς και στην υποστήριξη των Εταιρειών. Όταν όμως έμαθε πως στην υπόθεση ήταν ανακατωμένος ο άσπονδος εχθρός του Αλκιβιάδης, σταμάτησε κάθε συζήτηση και σε λίγο παραιτήθηκε και από στρατηγός, μαζί με το συστρατηγό του Σκιρωνίδη, που ήταν επίσης ολιγαρχικός.
Μετά την άρνηση των στρατηγών, ο Πείσανδρος βολιδοσκόπησε μερικούς ολιγαρχικούς τριηράρχους της στρατιάς και έπειτα γύρισε στην Αθήνα και έφερε τις προτάσεις: επάνοδος του Αλκιβιάδη και συχγρόνως μεταβολή του πολιτεύματος σε ολιγαρχικό. Σε αντάλλαγμα θα είχαν το χρυσάφι και την υποστήριξη του Περσικού κράτους. Συγχρόνως ο Πείσανδρος βεβαίωσε τους Αθηναίους ότι για τη λύση αυτή ήταν σύμφωνες και οι αθηναϊκές δυνάμεις της Σάμου. Η πλειοψηφία στην Εκκλησία του Δήμου είχε αντιρρήσεις για την προτεινομένη λύση. Ούτε τον Αλκιβιάδη ήθελε, ούτε τη μεταβολή του πολιτεύματος. Η προπαγάνδα όμως των Εταιρειών κινήθηκε και κατόρθωσε με απειλές και υποσχέσεις να μεταβάλη τις διαθέσεις του Δήμου. Τελικά αποφασίστηκε να σταλή μία πρεσβεία Αθηναίων στη Μικρά Ασία και να κάνη τις διαπραγματεύσεις με τον Αλκιβιάδη και τον Τισσαφέρνη. Οι διαπραγματεύσεις όμως δεν έφθασαν σε αποτέλεσμα. Οι Πέρσες προτίμησαν να συνεχίσουν την ενίσχυση των Λακεδαιμονίων και συνομολόγησαν νέες συνθήκες μαζί τους (411 π.Χ.). Ούτε και ο Αλκιβιάδης ήταν πια πρόθυμος να δεχτή τους όρους που του ζητούσαν ο Πείσανδρος και η πρεσβεία των Αθηναίων. Μετά την αποτυχία των διαπραγματεύσεων οι Εταιρείες αποφάσισαν να ενεργήσουν πραξικοπηματικά και ν’ αντικαταστήσουν το δημοκρατικό πολίτευμα με ολιγαρχικό.
