Οι Αθηναίοι, αντί να εκμεταλλευθούν την ανέλπιστη νίκη των Αργινουσών και να κλείσουν ειρήνη, συνέχισαν τον πόλεμο. Η Σπάρτη ξαναδιόρισε το Λύσανδρο αρχηγό του πελοποννησιακού στόλου και από τις αρχές του 405 ο πόλεμος πήρε δυσάρεστη τροπή για τους Αθηναίους.
Ο ικανότατος Λύσανδρος αναδιοργανώνει το στόλο, οι Πέρσες ξαναγυρίζουν στους Σπαρτιάτες και οι οργανωμένοι από το Λύσανδρο ολιγαρχικοί στις συμμαχικές πόλεις της Αθήνας αρχίζουν να κινούνται. Η πρώτη εκδήλωση έγινε στη Μίλητο. Με τη βοήθεια του Λυσάνδρου οι ολιγαρχικοί ανατρέπουν τους δημοκρατικούς. Ακολούθησε σφαγή των δημοκρατικών. Μόνο όσοι μπόρεσαν να φύγουν σώθηκαν. Αντίθετα με τους δημοκρατικούς της Αθήνας, που έδειχναν πάντα επιείκεια και πνεύμα συνδιαλλαγής προς τους ολιγαρχικούς, οι τελευταίοι, όπου επικρατούσαν εξολόθρευαν με γενική σφαγή τους αντιπάλους των.
Την άνοιξη του 405 ο Λύσανδρος είχε ετοιμάσει το στόλο του. Πέρασε ανενόχλητος το Αιγαίο και έφθασε στον Ελλήσποντο, όπου βρισκόταν ο αθηναϊκός στόλος. Προσαρμίστηκε στη Λάμψακο. Απέναντι, σε μία έρημη ακτή που την λέγαν «Αιγός Ποταμοί», στάθμευε ο αθηναϊκός στόλος. Αρχηγός των Αθηναίων ήταν ο χρηστός και γενναίος Κόνων. Είχε πολεμική πείρα, ικανότητα και θέληση να νικήση. Δεν παρουσίαζαν όμως τα ίδια προσόντα και οι στρατηγοί του. Η ποιότητα των νέων στρατηγών – ναυάρχων, μετά την εκτέλεση των έξι της ναυμαχίας των Αργινουσών, δεν ήταν ανάλογη με τις περιστάσεις, όταν μάλιστα είχαν για αντίπαλο το Λύσανδρο. Μερικοί ήταν και ύποπτοι για «φιλολακωνισμό». Έναν από αυτούς, τον Αδείμαντο, θα τον καταγγείλη αργότερα ο Κώνων για προδοσία. Το χειρότερο όμως για τον αθηναϊκό στόλο ήταν το μέρος που είχε διαλέξει για στάθμευση. Τα πολεμικά πλοία δεν είχαν τότε επιμελητείες, όπως τα σημερινά. Τα πληρώματα μόνα τους φρόντιζαν για τη διατροφή τους από το μισθό τους. Γι’ αυτό ήταν ανάγκη οι στόλοι να σταθμεύουν κοντά σε πολιτείες. Η πιο κοντινή πόλη στους Αιγός Ποταμούς ήταν η Σηστός, σε απόσταση μισής ώρας με τα πόδια (15 στάδια). Τα αθηναϊκά πληρώματα απομακρύνονταν συχνά από το στόλο για να προμηθεύωνται από τη Σηστό τρόφιμα και εφόδια. Ο Αλκιβιάδης, που βρισκόταν εκεί κοντά, έσπευσε να ειδοποιήση τους ναυάρχους ότι έπρεπε να μεταφέρουν το στόλο στη Σηστό, όπου υπήρχε η ευκολία του ανεφοδιασμού. Αυτός είχε συνεννοηθή και με τους τοπικούς ηγεμόνες του Ελλησπόντου και τους είχε πείσει να βοηθήσουν τους Αθηναίους. Ο ίδιος δεχόταν να αναλάβη την αρχηγία του στόλου και να αναγκάση το Λύσανδρο να ναυμαχήση. Ήταν η τελευταία υπηρεσία που ζήτησε να προσφέρη στην πατρίδα του ο δαιμόνιος Αθηναίος. Οι ναύαρχοι αγνόησαν τις σωτήριες προτάσεις του Αλκιβιάδη και τα πράγματα ακολούθησαν το μοιραίο δρόμο τους.
Ο αρχηγός του πελοποννησιακού στόλου παρακολουθούσε με ελαφρά σκάφη τις κινήσεις του αθηναϊκού. Και όταν τα πληρώματα των αθηναϊκών πλοίων είχαν βγη στην ξηρά, ο Λύσανδρος βρήκε την ευκαιρία να επιτεθή με όλο το στόλο του. Χωρίς αντίσταση, οι Σπαρτιάτες πήραν 179 αθηναϊκές τριήρεις. Μόνο ο Κόνων μπόρεσε να φύγη με 8 τριήρεις και να πάη στην Κύπρο. Άλλα τρία πλοία και η «ιερά ναυς» «Πάραλος» κατόρθωσαν επίσης να ξεφύγουν. Η «Πάραλος» έφερε τα τραγικά νέα στην κατάπληκτη πόλη. Ο Ξενοφών στα «Ελληνικά» περιγράφει τη σκηνή. Από τα πληρώματα του στόλου ένα μέρος σώθηκε στη Σηστό και οι άλλοι – επάνω από τρεις χιλιάδες – πιάστηκαν αιχμάλωτοι. Ο Λύσανδρος, που ήταν αδίστακτος στη διαξαγωγή του πολέμου, αποφάσισε για λόγους σκοπιμότητας και τρομοκρατίας να εκτελέση όλους τους αιχμαλώτους. Και για να δώση κάποια νομιμοφάνεια στην απόφασή του και να δημιουργήση και συνενόχους στο έγκλημα που ετοίμαζε, συγκρότησε ένα ψευτοδικαστήριο, από τους συμμάχους των Σπαρτιατών που ήταν με το στόλο του, για να δικάση τους αιχμαλώτους. Τους κατηγόρησε ότι δήθεν είχαν αποφασίσει, αν νικούσαν στη ναυμαχία, να κόψουν το δεξί χέρι των αιχμαλώτων που θα πιάναν. Ο στρατηγός Φιλοκλής με αγανάκτηση αποκρούει την κατηγορία. Αλλά η καταδίκη ήταν προαποφασισμένη. Όλοι οι Αθηναίοι θανατώθηκαν εκτός από τον Αδείμαντο, για τις υπηρεσίες που είχε προσφέρει στη Σπάρτη. Ο Λύσανδρος και οι σύμμαχοί του δεν επιτρέψαν ούτε την ταφή, εκείνων που είχαν δολοφονήσει… Αυτό ήταν το τέλος του αθηναϊκού στόλου τον 5 π.Χ. αιώνα. Ασφαλώς με άλλη προοπτική ο Θεμιστοκής θεμελίωνε τη ναυτική ηγεμονία της πατρίδας του στις αρχές του αιώνα.
Αποκλεισμός της Αθήνας.
Μετά την καταστροφή του αθηναϊκού στόλου η Αθήνα έμεινε εντελώς ανυπεράσπιστη. Ο σπαρτιατικός στρατός, με τους δύο βασιλιάδες Άγι και Παυσανία, την πολιορκούσε από την ξηρά. Και από τη θάλασσα δεν μπορούσε πια ν’ ανεφοδιαστή σε τρόφιμα. Ο Λύσανδρος, αντί να έλθη με το στόλο του στον Πειραιά και να επιχειρήση κοινή επίθεση με το σπαρτιατικό στρατό, έκανε κάτι το ασφαλέστερο. Καταλάμβανε, τη μία μετά την άλλη, τις αθηναϊκές κτήσεις που είχαν απομείνει στο Αιγαίο και στην Προποντίδα. Εγκαθιστούσε ολιγαρχικά πολιτεύματα και όλους τους δημοκρατικούς, με τις γυναίκες και τα παιδιά τους, τους έστελνε με πλοία στον Πειραιά. Με τους πρόσφυγες που φθάναν σωρηδόν η έλλειψη τροφίμων στην Αθήνα γινόταν ακόμη τραγικότερη. Μόνο η Σάμος αντιστάθηκε κι’ έμεινε πιστή στους Αθηναίους. Σε ανταπόδοση η Εκκλησία του Δήμου με τιμητικό ψήφισμα αναγνώρισε για πολίτες Αθηναίους όλους τους Σάμιους.
