Ο στρατός του Μοροζίνη έμεινε στην Αθήνα ολόκληρο το χειμώνα του 1687 – 88. Όταν όμως πλησίαζε η άνοιξη και υπήρχαν πληροφορίες ότι ο σερασκέρης της Θήβας ετοίμαζε στρατό για να ξαναπάρει την Αττική, αποφασίστηκε, στα πολεμικά συμβούλια που έγιναν στη ναυαρχίδα του Μοροζίνη, η εγκατάλειψη της Αθήνας για να εξοικονομηθούν δυνάμεις.
Το σχέδιο του Μοροζίνη ήταν η στρατιά του να καταλάβει τη Χαλκίδα και την Εύβοια κι’ έπειτα να γυρίσει στην Αττική. Μάταια οι Αθηναίοι διαμαρτυρήθηκαν για την εγκατάλειψή τους από τους Βενετούς. Προσφέρθηκαν να αναλάβουν αυτοί τα έξοδα της βενετικής φρουράς, που θα έμενε στην Ακρόπολη. Τελικά όμως, από το Δεκέμβριο μήνα, αποφασίστηκε η εγκατάλειψη της Αθήνας και η εκκένωσή της από τους κατοίκους. Ο Μοροζίνης, σε ένα γράμμα του αποφάσισε να εκκενώσει την πόλη και τους χριστιανούς κατοίκους της, που υπερβαίνουν τις 6.000, θα τους μεταφέρουν στο «βασίλειο του Μωρέως», όπου θα τους παραχωρήσουν σπίτια και χωράφια «για να ζήσουν ευτεχείς με την προστασία του Γαληνοτάτου Πρίγκηπα».
Το Μάρτιο του 1688 άρχισε η έξοδος των Αθηναίων από την πόλη τους. Άλλοι πήγαν στα κοντινά νησιά, στη Σαλαμίνα, Πόρο και Αίγινα και άλλοι, κάπου 4.000, στην Πελοπόννησο και σε άλλα μέρη της Ελλάδος. Από τότε θα βρούμε διάφορες αθηναϊκές οικογένειες εγκατεστημένες και πολιτογραφημένες σε διάφορες πόλεις: τους Ρέντηδες στην Κόρινθο, τους Ροΐδηδες στη Ζάκυνθο και στη Χίο, τους Καπετανάκηδες στη Μάνη, τους Μπενιζέλους και τους Ρούφους στην Πάτρα, τους Δούσμανη στην Κέρκυρα, και άλλους αλλού. Επί κεφαλής, κάθε μεγάλης ομάδας Αθηναίων, ήταν ένας Δημογέροντας, που θα αντιπροσώπευε και θα εκτελούσε τα καθήκοντα της Δημογεροντίας, ώσπου να ξαναγυρίσουν στην πόλη. Και οι δύστυχοι Αθηναίοι πίστευαν πως σύντομα, μετά τη νίκη των Βενετών στην Εύβοια, θα επιστρέφαν στα σπίτια τους. Αλλά οι επιχειρήσεις του βενετικού στρατού στην Εύβοια δεν πήγαν καλά και οι Αθηναίοι έμειναν τρία χρόνια μακρυά από τον τόπο τους.
Αποφασίζεται η ολοκληρωτική καταστροφή της Ακροπόλεως.
Όταν αποφασίστηκε η εγκατάλειψη της Αθήνας και η έξοδος του πληθυσμού, η Ακρόπολις πέρασε από μεγαλύτερο ακόμη κίνδυνο. Είχε συζητηθεί στο πολεμικό συμβούλιο του Μοροζίνη η ολοκληρωτική καταστροφή του Κάστρου, με όλα τα μνημεία και τα τείχη του, για να μη μπορούν στο μέλλον να το χρησιμοποιήσουν οι Τούρκοι. Θα ανατιναζόταν, δηλαδή, με υπονόμους όλο το επάνω μέρος από την Ακρόπολη και τα γύρω τείχη, ώστε να ισοπεδωθεί, κατά το δυνατό, ο ιστορικός αυτός βράχος. Ευτυχώς, που τα απαίσια αυτά σχέδια, που θα εξαφάνιζαν εντελώς την Ακρόπολη και τα μνημεία της, δεν μπήκαν σε εφαρμογή από την έλλειψη χρόνου και μέσων για την πραγματοποίησή τους. Δεν υπήρχαν, ούτε οι ποσότητες των εκρηκτικών υλών που θα χρειάζονταν για ανατινάξεις σε τόσο μεγάλη έκταση, ούτε οι τεχνικοί που θα τις έκαναν. Οι δύο αυτοί παράγοντες και η βία του Μοροζίνη να αφήσει την Αθήνα, γιατί είχε παρουσισαστεί πανώλης στο στρατό του, υπήρξαν περισσότερο αποφασιστικοί στη διάσωση των μνημείων από τις παρακλήσεις των Αθηναίων.
Στις 9 Απριλίου 1688 ο στρατός του Μοροζίνη επιβιβάστηκε σε πλοία με τις αποσκευές του και τις αρχαιότητες που είχε αρπάξει από την Αθήνα και την Ακρόπολη, και έφυγε για τον Πόρο. Τον ακολούθησαν οι τελευταίοι Αθηναίοι, που είχαν μείνει. Η πόλη ερημώθηκε εντελώς. Στην Ακρόπολη το μόνο μνημείο που είχε μείνει ακέραιο ήταν το Ερεχθείο. Και, ασφαλώς, οι Καρυάτιδες, που είχαν σωθεί από την περιπέτεια, θα βλέπαν με ανακούφηση τα πλοία των «ελευθερωτών» να φεύγουν …
Με την εκστρατεία του Μοροζίνη, την καταστροφή του Παρθενώνος και την εγκατάλειψη της Αθήνας από τους κατοίκους της για τρία χρόνια, έχουν ασχοληθεί, εκτός από τους ξένους και οι Έλληνες: Σπ. Λάμπρος, Δ. Καμπούρογλους, Θ. Φιλαδελφεύς, Α. Αργυρός, Γ. Κωνσταντινίδης, Π. Ζερλέντος, Κ. Μέρτζιος και άλλοι. Σημαντική πηγή για την εκστρατεία του Μοροζίνη είαι τα Αρχεία της Βενετίας.
