Ο Ομάρ, όταν πήρε την Αθήνα (1456), ύστερ’ από τη συνθηκολόγηση με το Φράγκο Ατζαγιόλι, ασφαλώς, θα τοποθέτησε τουρκική φρουρά στο κάστρο της. Τότε ή λίγο αργότερα έγινε και ο Παρθενών από εκκλησία των Καθολικών τουρκικό τζαμί.
Ο τελευταίος Καθολικός Μητροπολίτης Νικόλαος Προθυμός, που κατοικούσε στην Ακρόπολη, ακολούθησε το Δούκα της Αθήνας στη νέα του έδρα τη Θήβα. Φεύγοντας θα πήρε μαζί του όλα τα ιερά σκεύη και τα πολύτιμα αντικείμενα του Καθολικού Παρθενώνος, ώστε οι Τούρκοι δεν θα βρήκαν σπουδαία πράγματα για λεηλασία. Το αντίθετο είχε συμβεί με την εισβολή των χριστιανών Φράγκων στην Αθήνα (1205), που επογύμνωσαν τον Ορθόδοξο τότε Παρθενώνα από όλο το πολύτιμο περιεχόμενό του. Αργότερα, θα συναντήσουμε το Νικόλαο Προθυμό στη Ναύπακτο, Καθολικό Επίσκοπο, όπου και θα μείνει ως το θάνατό του. Μόνο μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος ξαναγύρισε Καθολικός Επίσκοπος στην Αθήνα. Οι σουλτάνοι δεν τον δέχτηκαν όλο το διάστημα της κυριαρχίας τους.
Στην κατάληψη της Αθήνας από τους Τούρκους, Μητροπολίτης Αθηνών ήταν ο Ισίδωρος. Ένας ιερωμένος μορφωμένος και ικανός, που εγκατέλειψε όμως τη Μητρόπολή του και έμεινε στην Τήνο ως το τέλος της ζωής του. Ο μόνος κληρικός, που έπαιξε κάποιο ρόλο στην εισβολή των Τούρκων, ήταν ο Ηγούμενος Καισαριανής. Ο Spon αναφέρει ότι υποδέχτηκε το Μωάμεθ και του πρόσφερε, εκ μέρους των Αθηναίων, «τα κλειδά της πόλεως». Και γι’ αυτό στο Μοναστήρι της Καισαριανής είχαν δοθει προνόμια από τους Τούρκους, όπως είχαν δοθεί και από τους Φράγκους (1205), όταν ο Ηγούμενός του ομολόγησε υπακοή στον Πάπα. Ήταν πολύ πλούσιο μοναστήρι και ο πλούτος πάντα συμβιβάζεται με τον τύραννο, είτε ντόπιος είναι, είτε ξένος.
Ο Παρθενών γίνεται τζαμί.
Μετά την επιστροφή του Ορθοδόξου Μητροπολίτη στην Αθήνα, επί Νερίου Ατζαγιόλι (1398), Μητροπολιτικός Ναός έγινε η εκκλησία της Παναγίας του Σταροπάζαρου. Με το όνομα Σταροπάζαρο έλεγαν στα βυζαντινά και μεταβυζαντινά χρόνια ολόκληρη την περιοχή της Ρωμαϊκής Αγοράς (σημερινοί Αέρηδες), γιατί εκεί γινόταν το εμπόριο των σιτηρών. Όταν ο Μωάμεθ επισκέφθηκε την Αθήνα, μετατρέψαν την Παναγία του Σταροπάζαρου σε τζαμί, για να τον τιμήσουν. Και από το Μωάμεθ τον Προθητή (Φατίχ) ονομάστηκε το τζαμί «Φατιχιέ». Το τζαμί αυτό σώζεται και σήμερα. Την ίδια εποχή έγινε και ο Παρθενών τζαμί, αφού έπαθε νέες καταστροφές και μεταμορφώσεις στο εσωτερικό του, για ν’ αφιερωθεί στην τρίτη κατά σειρά θρησκεία. Οι Τούρκοι έχτισαν και ένα μιναρέ δίπλα στον Παρθενώνα, για να θυμίζει, ίσως, με το ύψος του, το άλλοτε άγαλμα της Προμάχου Αθηνάς …
Σε όλο το διάστημα της Τουρκοκρατίας ο Παρθενών και το Φατιχιέ θα είναι τα δύο επισημότερα τζαμιά της Αθήνας. Υπήρχαν και άλλα τρία τζαμιά, που το ένα διατηρείται ακόμη στο Μοναστηράκι. Το όνομα του Φατιχιέ θα πάρει και η γύρω συνοικία, που ήταν τότε η πιο κεντρική. Σ’ αυτή βρίσκονταν το τουρκικό διοικητήριο – το «βοεβοδαλίκι» – τα προξενεία και τα αρχοντικά των Αθηναίων και των ξένων που μέναν μόνιμα στην Αθήνα. Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος το Φατιχιέ τζαμί χρησιμοποιήθηκε ολόκληρο τον αιώνα της ελευθερίας, για … στρατιωτικός φούρνος. Και μόνο πριν από σαράντα χρόνια έπαυσε να είναι φούρνος. Καθαρίστηκε από τα πρόσθετα κτίσματα και διατηρείται ως μνημείο.
Ο Μητροπολιτικός Ναός.
Μετά τη μετατροπή της Παναγίας του Σταροπάζαρου σε τζαμί, ο Μητροπολιτικός Ναός εγκαταστάσθηκε στην κοντινή Εκκλησία του Αγίου Παντελεήμονος, που δεν υπάρχει πια. Καταστράφηκε στην Επανάσταση του 1821. Τη θέση του Αγίου Παντελεήμονος καταλαμβάνει σήμερα η ομώνυμη πλατεία (τέρμα οδού Αιόλου), που είναι και περισσότερο γνωστή με το όνομα: Πλατεία του Δημοπρατηρίου. Εκεί κοντά ήταν και η κατοικία του Μητροπολίτη Αθηνών, που στο οικόπεδό της χτίστηκε, μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος, ο σημερινός Μητροπολιτικός Ναός Αθηνών. Μια παλιά χαλκογραφία παρουσιάζει την κατοικία του Μητροπολίτη τον καιρό της σκλαβιάς, με τον ευρύτατο περίβολό του και μέσα στον περίβολο την Εκκλησία της Παναγίας Γοργοεπηκόου (σημερινός Άγιος Ελευθέριος).
Τα εκκλησιαστικά «προνόμια».
Τα ειδικότερα προνόμια που έδωκε ο Μωάμεθ Β΄ στους Αθηναίους, που υπογραμμίζει ο Κριτόβουλος, ήταν κάποια τοπική κοινοτική αυτοδιοίκηση και θρησκευτική ελευθερία. Το τελευταίο ήταν και στο γενικότερο πολιτικό πρόγραμμα του Πορθητή της Κωνσταντινουπόλεως. Ο Μωάμεθ Β΄, δίνοντας τα «προνόμια» στον Πατριάρχη, ζήτησε να ενισχύσει την αντίθεση που υπήρχε μεταξύ Ορθοδοξίας και Καθολικισμού και να σπάσει κάθε δεσμό των υποδούλων με τον Πάπα, που ασκούσε μεγάλη επιρροή στους μονάρχες του δυτικού κόσμου. Στα πλαίσια της πολιτικής αυτής ο Τούρκος κατακτητής ξανάδωσε στο Μητροπολίτη Αθηνών τις περισσότερες από τις επισκοπές που είχε επί Βυζαντίου και τον έκανε ουσιαστικά αρχηγό των Ραγιάδων της αρχιεπισκοπής του. Και δεν άφησε το Λατίνο Αρχιεπίσκοπο να ξαναγυρίσει. Έδωκε επίσης στους Ορθοδόξους και τις εκκλησίες που είχαν καταλάβει οι Καθολικοί, εκτός από εκείνες που κράτησε για να τις μεταβάλει σε τζαμιά. Οι Αθηναίοι όμως σπάνια χρησιμοποίησαν εκκλησία που την είχαν πάρει οι Φράγκοι. Την θεωρούσαν «μολεμένη», δηλαδή μολυσμένη και προτιμούσαν να την γκρεμίσουν και να χτίσουν άλλη στη θέση της. Και τόση ήταν η αντίθεση, τον καιρό της Φραγκοκρατίας, του ελληνικού στοιχείου απέναντι της Καθολικής Εκκλησίας, ώστε αν κανένας, εξ ανάγκης, είχε βαφτίσει το παιδί του με Καθολικό παπά, το ξαναβάφτιζε, μόλις εύρισκε ευκαιρία, κατά το ορθόδοξο δόγμα. Και όταν Καθολικός παπάς λειτουργούσε σε Ορθόδοξη εκκλησία, φρόντιζαν, μόλις έφευγε, να πλύνουν την Αγία Τράπεζα.