Η Βενετία εξακολούθησε τους πολέμους με τους Τούρκους και μετά την πτώση του Βυζαντινού κράτους, επί δύο και πλέον αιώνες. Και, συνήθως, το πολεμικό θέατρο των αγώνων της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας βρισκόταν στις ελληνικές θάλασσες και στεριές.
Στα 1684 άρχισε νέος πόλεμος Τούρκων και Βενετών. Ο αντιπρόσωπος της Βενετίας στην Κωνσταντινούπολη, αναγγέλοντας στις τουρκικές αρχές τη διακοπή των σχέσεων, θεώρησε φρόνιμο να δραπετεύσει αμέσως «μετεμφιεσμένος». Έκοψε μάλιστα μαλλιά και γένεια για να μην τον αναγνωρίσουν. Τέτοια «διπλωματική ασυλία» απολαμβάναν οι αντιπρόσωποι των ξένων Δυνάμεων στην Οθωμανική αυτοκρατορία του 17ου αιώνα.
Ένα χρόνο μετά την κήρυξη του πολέμου, βενετικός στρατός, με αρχηγό το Φραγκίσκο Μοροζίνη (Fr. Morosini), αποβιβάζεται (Ιούνιος 1685) στην Πελοπόννησο. Η Τουρκία την εποχή εκείνη ήταν απασχολημένη σε πόλεμο με την Ουγγαρία και ο Μοροζίνης κατόρθωσε να καταλάβει τα μεγαλύτερα κάστρα της Πελοποννήσου: την Κορώνη, την Καλαμάτα και το Ναύπλιο. Μετά τη μάχη των Πατρών (1687) και την πανωλεθρία των τουρκικών δυνάμεων, οι Βενετοί έγιναν κύριοι όλης της Πελοποννήσου. Και ο μεγαλεπήβολος Μοροζίνης σχεδίαζε να κόψει τον Ισθμό της Κορίνθου, ώστε να μεταβάλει την Πελοπόννησο σε νήσο, που εύκολα θα μπορούσε να την κρατήσει ο βενετικός στόλος. Ο Μοροζίνης – που η Γερουσία της Βενετίας του έδωκε τον τιμητικό τίτλο του «Πελοποννησιακού» – για να κολακεύσει τους Έλληνες και να τους έχει με το μέρος του, υπογραφόταν με το ελληνικό όνομα «Μαυρογένης».
Αφορισμός Αθηναίων.
Ο θρύλος που είχε δημιουργηθεί γύρω από τις νίκες και το όνομα του Μοροζίνη, ξεσήκωσε και τους Αθηναίους. Και μια πρεσβεία Αθηναίων ήλθε να τον συναντήσει στην Κόρινθο και να του ζητήσει να προχωρήσει στην Αττική και να ελευθερώσει την Αθήνα. Επί κεφαλής της πρεσβείας ήταν ο Μητροπολίτης Ιάκωβος και μέλη της διάφοροι πρόκριτοι Αθηναίοι. Ο Μοροζίνης στην αρχή είχε επιφυλάξεις για την επέκταση του πολέμου και στην Αττική. Έπειτα όμως πείθεται στις παρακλήσεις των Αθηναίων, που του είχαν δώσει προηγουμένως και σημαντικά ποσά για τη συντήρηση του στρατού του. Οι επαφές των Αθηναίων με το Μοροζίνη και ιδιαίτερα του Μητροπολίτη Ιακώβου, είχαν κινήσει τις υποψίες των Τούρκων στην Κωνσταντινούπολη. Και το Πατριαρχείο, για ν’ αποφύγει επιπλοκές, αποκατάστησε τον Ιάκωβο με έναν άλλο μητροπολίτη, τον Αθανάσιο. Αλλά οι Αθηναίοι δεν τον δέχτηκαν και κράτησαν τον Ιάκωβο. Και το Πατριαρχείο τότε, είτε με δική του πρωτοβουλία, είτε ύστερ’ από επέμβαση της Πύλης, αφόρισε τον Ιάκωβο και τους Αθηναίους.
Η στρατιά του Μοροζίνη στην Αθήνα.
Μαζί με τους αφορισμούς του Πατριαρχείου, έφθανε στον Πειραιά (10 Σεπτεμβρίου 1687) και η στρατιά του Μοροζίνη. Οι Τούρκοι της Αθήνας, κάτοικοι και στρατιώτες, κλείστηκαν στην Ακρόπολη. Είχαν μεταφέρει εκεί, από ημέρες πριν, τρόφιμα, νερό και πυρομαχικά. Ο βενετικός στρατός – δέκα χιλιάδες άντρες, που οι περισσότεροι ήταν Γερμανοί – αποβιβάστηκε στον Πειραιά και προχώρησε στην Αθήνα. Τον υποδέχτηκαν οι Αθηναίοι με το Μητροπολίτη, σαν ελευθερωτή. Οι χρονικογράφοι της εποχής και οι εκθέσεις του βενετικού στρατού γράφουν ευνοϊκά για τους Αθηναίους και για την πόλη τους, που ήταν η καλύτερη από όσες είχαν επισκεφθεί στην Ελλάδα. Έκαναν εντύπωση τα ωραία σπίτια που είχαν μερικοί Αθηναίοι για κατοικία τους. Επαινούν επίσης την εξυπνάδα και τη λεπτότητα των κατοίκων. Ένας από τους χρονικογράφους, ο Γερμανός Χόμπεργκ (Fred. Homberg), γράφει για την Αθήνα του 1687 ότι είναι «μία πολιτεία μεγάλη και πολυάνθρωπος». Οι Αθηναίοι είναι πολύ αξιοπρεπείς και τίμιοι άνθρωποι. Μόνο που δεν μπορούμε να τους εννοήσουμε γιατί μιλάνε ελληνικά». Αρχηγός του στρατού που αποβιβάστηκε ήταν ο Σουηδός κόμης Όθων Γουλιέλμος Καίνιξμαρκ (Otto Koenigsmark). Ένας εμπειροπόλεμος και ικανός στρατιωτικός, που τον είχε μισθώσει η Βενετία για αρχιστράτηγο του Μοροζίνη με μεγάλο μισθό. Ο Μοροζίνης, πριν αρχίσει την επίθεση εναντίον των κλεισμένων στην Ακρόπολη Τούρκων, έστειλε κήρυκες και τους ζήτησε να παραδοθούν. Ο φρούραρχος όμως είπε ότι θα υπερασπίσει το Κάστρο. Είχε συνεννοηθεί και με το σερασκέρη της Θήβας να κατεβεί με στρατό και να διώξει τους Βενετούς.
Κατεδάφιση του Ναού της Νίκης.
Οι Τούρκοι, περιμένοντας την εισβολή του Μοροζίνη, είχαν ενισχύσει την Ακρόπολη με οχυρώματα και πυροβόλα. Τότε κατεδάφισαν και το Ναό της Νίκης στην Ακρόπολη, για να βάλουν κανόνια στη θέση του και να ενισχύσουν το πρόχωμα του «Σερπαντζέ». Πολλά κομμάτια από το Ναό της Νίκης βρέθηκαν θαμμένα κάτω από τα χώματα του Σερπεντζέ, μετά την απελευθέρωση της Ελλάδος. Από εκεί τα πήραν, 1835, και αναστήλωσαν τον ωραίο ναό, όπως τον βλέπουμε σήμερα. Η αναστήλωση έγινε με την επίβλεψη του Δανού αρχιτέκτονα Χριστιανού Χάνσεν, που έκανε και τα σχέδια του Πανεπιστημίου Αθηνών. Από τα ανάγλυφα που κοσμούσαν άλλοτε το διάζωμα του ναού της Νίκης ελάχιστα σώζονται σήμερα. Τα είχαν βάλει χωριστά οι Τούρκοι, όταν τον κατεδάφισαν, για να τα φυλάξουν. Και δεν τα έριξαν, με τα άλλα μάρμαρα του ναού, στο πρόχωμα των Προπυλαίων. Μερικά από τα ανάγλυφα τα πήραν οι αξιωματικοί και οι στρατιώτες του Μοροζίνη και άλλα ο περιβόητος Ελγίνος.
