Την αναχώρηση των τελευταίων κατοίκων και του βενετικού στρατού ακολούθησε η εισβολή των Τούρκων στην Αθήνα και η αγρία λεηλασία της έρημης πολιτείας. Στο τέλος οι Τούρκοι έβαλαν φωτιά στα σπίτια και στον ελαιώνα. Η Αθήνα ερημώθηκε τότε για τρία χρόνια.
Έλειψε και η τουρκική φρουρά από την Ακρόπολη. Οι Τούρκοι δεν είχαν κανένα λόγο να μείνουν σε μια έρημη πόλη, που δεν υπήρχαν και οι Ραγιάδες για να δουλεύουν.
Περιπέτειες Αθηναίων.
Από τους Αθηναίους, όσοι είχαν καταφύγει στη Σαλαμίνα, υποφέραν τα πάνδεινα από τις επιδρομές των πειρατών και τις οργανωμένες επιθέσεις οπλισμένων Τούρκων από την Αττική. Σε μια επιδρομή οι Τούρκοι, αφού σκότωσαν πολλούς άντρες που θέλησαν να αμυνθούν, πήραν 350 γυναικόπαιδα για σκλάβους. Μπροστά στην κατάσταση αυτή πολλοί Αθηναίοι πρόσφυγες αφήκαν τη Σαλαμίνα και με την προστασία του ενετικού στόλου πήγαν στην Αίγινα. Στις άλλες δυστυχίες του ξεπατρισμού είχε προστεθεί και η πανώλης, που τους δεκάτιζε και στους νέους τόπους της προσφυγιάς. Η επιδημία είχε αρχίσει από την Αθήνα. Και ήταν ένας από τους λόγους που ο Μοροζίνης αποφάσισε να εγκαταλείψει την Αττική, σαν άρχισε να μεταδίδεται και στο στρατό του.
Περιποίηση Βενετών.
Σε πολύ καλύτερη κατάσταση βρέθηκαν οι Αθηναίοι που πήγαν στην Πελοπόννησο. Σύμφωνα με τα επίσημα στοιχεία των Αρχείων της Βενετίας, είχαν εγκατασταθεί εκεί 662 οικογένειες Αθηναίων προσφύγων. Σ’ αυτούς η βενετική διοίκηση έδωκε εκατοντάδες χωράφια, αμπέλια, κήπους και 47.000 ελαιόδεντρα. Στις οικογένεις που εγκαταστάθηκαν σε πόλεις, τους παραχώρησαν, επί πλέον, 285 σπίτια και πολλά μαγαζιά. Και όλα αυτά δόθηκαν δωρεάν. Θα πλήρωναν μόνο το φόρο της δεκάτης για τα εισοδήματα που θα είχαν. Η διανομή έγινε ανάλογα με την κοινωνική τάξη των Αθηναίων. Οι Βενετοί τους κατατάξαν σε τέσσερεις τάξεις, όπως ήταν χωρισμένοι και στην πόλη τους. Γενικά, όλες οι εκθέσεις των βενετικών αρχών της Πελοποννήσου μιλούν με συμπάθεια και εκτίμηση για τους Αθηναίους.
Εκτός από τα κτήματα, σε πολλούς προύχοντες Αθηναίους έδωκαν συντάξεις και τίτλους. Για το Μητροπολίτη Ιάκωβο η Γερουσία της Βενετίας ψήφισε 150 ρεάλια το μήνα σύνταξη. Στους Ροΐδη, Δούσμανη, Μπενιζέλο, Μάκολα, Μπεναρδή και άλλους έδωκε τον τίτλο του κόμη. Και όχι μόνο οι Βενετοί, αλλά και οι Έλληνες στις διάφορες πόλεις που πήγαν πρόσφυγες Αθηναίοι, τους βοήθησαν και τους περιποιήθηκαν. Όπως προκύπτει από τα κείμενα της εποχής, το μορφωτικό επίπεδο των Αθηναίων ήταν ανώτερο, συγκρινόμενο με τον άλλο ελληνικό πληθυσμό. Οι εκθέσεις των βενετικών αρχών μας πληροφορούν επίσης ότι οι Αθηναίοι, που ήταν κυρίως καλοί έμποροι, έδωκαν ζωή και κίνηση σε πολλά από τα μέρη που εγκαταστάθηκαν.
Το επιχειρηματικό πνεύμα του Ρωμιού δεν έλειψε και στην περίοδο αυτή της δυστυχίας. Διάφοροι απατεώνες παρουσιάζονταν για πρόσφυγες Αθηναίοι στους Έλληνες, ιδίως της Επτανήσου και του εξωτερικού, για να απολαμβάνουν περιποιήσεις και παροχές. Οι πραγματικοί Αθηναίοι, για να τους εξουδετερώσουν, αναγκάστηκαν να χρησιμοποιούν μεταξύ τους συνθήματα αναγνωρίσεως. Και φαίνεται πως το πέτυχαν. Αλλά δεν ήταν μόνο οι απατεώνες που ζήτησαν να επωφεληθούν από την περίσταση. Μερικοί Αθηναίοι, με τη βοήθεια Ελλήνων και Τούρκων και με ελάχιστα χρήματα, αγόραζαν στην Κωνσταντινούπολη τα αθηναϊκά κτήματα, που είχε δημεύσει η τουρκική διοίκηση. Υπολόγιζαν να κερδοσκοπήσουν με την υπεραξία που θα αποκτούσαν μετά την επιστροφή των Αθηναίων στον τόπο τους.
Αμνηστία Αθηναίων.
Παρ’ όλες τις περιποιήσεις και την υποστήριξη που είχαν από τους άλλους Έλληνες και τις βενετικές αρχές, οι Αθηναίοι ποτέ δεν έπαυσαν να νοσταλγούν την Αττική και ποτέ δε θεώρησαν οριστική την απομάκρυνσή τους από αυτή. Στη νοσταλγία είχε προστεθεί και μια ψύχωση. Αποδίδαν, όσα είχαν πάθει, στην κατάρα και στον αφορισμό που είχε κάνει το Πατριαρχείο σ’ αυτούς και το Μητροπολίτη τους. Μαζεύτηκαν τότε εβδομήντα οικογένειες Αθηναίων, από αυτές που μέναν στη Σαλαμίνα και ζούσαν με τις χειρότερες συνθήκες, και γράψαν μια αναφορά στον Πατριάρχη. Του ζητούσαν να τους συχωρέσει και να τους βγάλει τον αφορισμό. Και ο Πατριάρχης, όχι μόνο τους συχώρεσε, αλλά έκανε και ενέργεις στις τουρκικές αρχές της Πόλης και πέτυχε να δοθεί αμνηστεία στους Αθηναίους και η άδεια να γυρίσουν στην πόλη τους. Σ’ αυτό τους βοήθησε και ο αρχιευνούχος που είχε χάσει τα εισοδήματά του. Οι Αθηναίοι χαρακτηρίστηκαν για θύματα των Βενετών, που τους είχαν εξαπατήσει. Όσοι γύριζαν θα ξανάπαιρναν τα κτήματά τους και θα έμεναν αφορολόγητοι και ασύδοτοι για τρία χρόνια. Τα κτήματα εκείνων που δε θα γύριζαν, θα μέναν στο τουρκικό δημόσιο. Αλλά και το ζήτημα αυτό κανονίστηκε λίγο αργότερα. Τρεις από τους Αθηναίους Δημογέροντες, ο Μπενιζέλος, ο Παλαιολόγος και ο Λατίνος, πήγαν στην Κωνσταντινούπολη και με χρήματα και δώρα αγόρασαν φθηνά από το τουρκικό δημόσιο, για λογαριασμό της Κοινότητας των Αθηναίων, τα αδέσποτα κτήματα.
Η επιστροφή.
Στην Αθήνα άρχισαν να μαζεύωνται και πάλι οι παλιοί της κάτοικοι. Οι περισσότεροι ξαναγύρισαν. Μερικοί όμως έμειναν οριστικά στις νέες τους πατρίδες. Μαζί με τους Έλληνες γύρισαν και αρκετοί Αθηναίοι Τούρκοι. Οι άλλοι προτίμησαν τη Μικρά Ασία, που είχαν μεταφερθεί. Ο πληθυσμός της Αθήνας, μετά την επιστροφή των κατοίκων, δε θα ήταν ανώτερος από 6 – 7 χιλιάδες. Από τους υπόλοιπους, που είχε πριν από την έξοδο, άλλοι πέθαναν από πανώλη, άλλοι χάθηκαν από τις επιδρομές των πειρατών και των Τούρκων και σημαντικός αριθμός δε θέλησε να ξαναγυρίσει. Είχαν τακτοποιηθεί στα μέρη που είχαν καταφύγει και ζούσαν πιο ελεύθεροι κάτω από τους Βενετούς παρά από τους Τούρκους.
Μετά την επιστροφή των Αθηναίων, οι Τούρκοι έστειλαν φρουρά στην Ακρόπολη και επισκεύασαν το Κάστρο από τις καταστροφές που του είχαν κάνει οι Βενετοί φεύγοντας. Είχαν βγάλει τα κανόνια και είχαν καταστρέψει τις θέσεις των πυροβόλων, τους προμαχώνες και κομμάτια από το τείχος. Οι Τούρκοι ενίσχυσαν την είσοδο στην Ακρόπολη, προσθέτοντας δίπλα στο Σερπαντζέ και ένα τείχος (περίβολο), που μέσα σ’ αυτό περιλάβαν και ένα μέρος από την πόλη. Ο περίβολος ήταν στα Β.Δ. της Ακροπόλεως και αναφέρεται ως «τείχος της Υπαπαντής». Το Κάστρο, ενισχυμένο, ξανάβρισκε την παλαιότερη ζωή του, με το δισδάρη, τους φρουρούς του και τις τουρκικές οικογένειες εγκαταστημένες σ’ αυτό σε φτωχόσπιτα. Και η ζωή ξανάρχιζε στην Αθήνα, ύστερ’ από εγκατάλειψη τριών χρόνων. Μετά την εισβολή των Περσών του 480 π.Χ., ποτέ άλλοτε η Αθήνα δεν είχε μείνει χωρίς κατοίκους, παρά μόνο στην τριετία (1688 – 1690), ύστερ’ από τα «Μοροζινικά».
Η αθηναϊκή παράδοση αναφέρει ότι, και μετά την ερήμωση της Αθήνας, έμειναν στην πόλη οι «Εφτά Κυνηγοί». Ήταν «παιδιά θεότρελλα, από τα Στούρα της Ευβοίας», που έφθασαν κυνηγώντας ως το «Σέγγιο». Έτσι λεγόταν στα χρόνια της Τουρκοκρατίας ο Λόφος των Μουσών (του Φιλοππάπου). Οι Κυνηγοί παραξενεύτηκαν που δεν είδαν κανένα άνθρωπο στην Αθήνα και μαγεμένοι από την ομορφιά του τοπίου, αποφάσισαν να μείνουν αυτοί στην ακατοίκητη πόλη και να αποτελέσουν τον πρώτο πυρήνα των κατοίκων της. Η παράδοση των «Εφτά Κυνηγών» δε στερρείται ιστορικής αλήθειας. Φαίνεται πως μερικοί τολμηροί και άλλοι τυχοδιώκτες είχαν μείνει στην Αθήνα και σ’ αυτά τα χρόνια που είχε ερημωθεί. Άλλοι μέναν στο Κάστρο και άλλοι στην πόλη, για λίγο ή περισσότερο χρόνο.
