Ο δεύτερος χρόνος του Πελοποννησιακού πολέμου άρχισε με μια φοβερή αρρώστια, που θέρισε τον πληθυσμό της Αττικής. Η ιστορία δεν είχε παρουσιάσει ως τότε τέτοια καταστροφή από «λοιμό».
Η αρρώστια πρωτοφάνηκε σε ταξιδιώτες που ήλθαν από την Αίγυπτο και την Αιθιοπία. Ήταν τόσο απότομη η προσβολή των κατοίκων, ώστε στην αρχή νόμισαν πως οι Σπαρτιάτες είχαν ρίξει δηλητήριο στα πηγάδια της Αθήνας και του Πειραιώς. Τα συμπτώματα της αρρώστιας τα δίνει με λεπτομέρειες ο Θουκυδίδης, που είχε προσβληθεί και ο ίδιος από το λοιμό. Παρουσιαζόταν με μεγάλο πυρετό, με κοκκινίλες και φλογώσεις στα μάτια, στο φάρυγγα και στη γλώσσα, με εξελκώσεις στο στόμα. Έπειτα άρχιζαν φοβεροί πόνοι στο στήθος και στο στομάχι. Οι άρρωστοι είχαν μεγάλη δίψα και ταραχή. Σπάνια γίνονται εντελώς καλά. Από αυτούς που επιζούσαν πολλοί μέναν ακρωτηριασμένοι, στραβοί ή χάναν τη μνήμη τους. «Η ασθένεια» γράφει ο Θουκυδίδης «ήταν τόσο φρικτή, ώστε τα σαρκοβόρα όρνια δεν πλησίαζαν τα πτώματα και τα κατοικίδια ζώα φεύγανε μακριά από τους αρρώστους. Πολλοί νεώτεροι ασχολήθηκαν να προσδιορίσουν την αρρώστια. Κατά τις πιθανότερες εκδοχές ήταν πανώλης, εξανθηματικός τύφος ή βαριά μορφή δαγκείου. Ο λοιμός κράτησε στην Αθήνα δύο χρόνια (430 και 429) και ξαναγύρισε ύστερ’ από διακοπή ενός χρόνου. Σε 30.000 υπολογίζουν τους θανάτους στην Αθήνα από το «λοιμό». Όλα τα μέσα που μεταχειρίστηκε η επιστήμη στάθηκαν ανίσχυρα να πολεμήσουν το κακό. Οι δρόμοι ήταν σπαρμένοι από πτώματα που έμεναν άταφα. Τα ιερά γεμάτα από αρρώστους. Τους είχαν εγκαταλείψει οι οικογένειές τους, αφήνοντας τις τελευταίες ελπίδες στη Θεία βοήθεια. Τους νεκρούς του θάβαν χωρίς καμιά ιεροτελεστία σε ομαδικούς τάφους. Κοντά στο πένθιμο και φρικτό αυτό θέαμα, άρχισαν να σημειώνονται και μεγάλες αταξίες στην πόλη. Φτωχοί να παίρνουν τις ιδιοκτησίες εκείνων που είχαν πεθάνει. Σπίτια να διαρπάζονται. Νεκροί να σκυλεύωνται. Και κανένας να μην έχει όρεξη να εργαστεί. Και το κακό ήταν ακόμη μεγαλύτερο, γιατί στην Αθήνα και μέσα στα Μακρά τείχη είχαν μαζευτεί, εξ αιτίας του πολέμου, όλοι οι κάτοικοι της Αττικής. Οι περισσότεροι ήταν στοιβαγμένοι σε ανθυγιεινές καλύβες ή σε τσαντίρια στημένα δίπλα στα τείχη.
Καταδίκη του Περικλή.
Από τη δυστυχία αυτή ζήτησαν να επωφεληθούν πολιτικώς οι εχθροί του Περικλή. Τον κατηγορούσαν ότι εξ αιτίας του έγινε ο πόλεμος και υποφέραν τόσα. Και για να σωθούν έπρεπε να παραμεριστεί ο μεγάλος υπεύθυνος. Η δημαγωγία με τον Κλέωνα βρήκε την ευκαιρία να δράση. Εκμεταλλεύεται τη δυστυχία και την κόπωση του αθηναϊκού λαού. Στο τέλος κατορθώνει να πείσει την Εκκλησία του Δήμου (430) να παραπέμψει σε δίκη τον Περικλή, γιατί είχε διαχειριστή χρήματα του δημοσίου χωρίς ν’ αποδώσει λογαριασμό. Και πέτυχε να καταδικαστεί σε πρόστιμο. Άλλοι αρχαίοι συγγραφείς ανεβάζουν το πρόστιμο σε 15 και άλλοι σε 45 τάλαντα. Με την καταδίκη ο Περικλής έχασε και το αξίωμα του στρατηγού. Αποσύρεται τότε στον ιδιωτικό βίο. Η κακή μοίρα τον παρακολουθεί. Σε διάστημα λίγων μηνών πεθαίνουν από το λοιμό οι στενότεροι συγγενείς του και οι καλύτεροι φίλοι του. Χάνει την αδελφή του και τα δύο του παιδιά. «Αλλά δεν απελπίστηκε» γράφει ο Πλούταρχος «ούτε ταπεινώθηκε το φρόνημα και το μέγεθος της ψυχής του από τις συφορές». Και μόνο όταν έχασε το μικρότερο από τους γιους του, τον Πάραλο, «ο θάνατός του τον κλόνισε. Και προσπάθησε να υπομείνει καρτερικά το δυστύχημα και να διατηρήσει τη μεγαλοψυχία του. Όταν όμως φέροντας στεφάνι για το νεκρό τον αντίκρισε, δεν μπόρεσε πια να συγκρατηθεί και άρχισε να κλαίη με λυγμούς, πράγμα που ποτέ άλλοτε δεν το είχε κάνει σε όλο το διάστημα της ζωής του».
Μεταστροφή του λαού.
Μετά την αποχώρηση του Περικλή από την πολιτική, η κυβέρνηση της πολιτείας έπεσε στα χέρια της δημαγωγίας. Δε χρειάστηκε όμως πολύς καιρός για να καταλάβει ο αθηναϊκός λαός τη διαφορά που υπήρχε μεταξύ του Περικλή και των διαδόχων του: του Κλέωνος, του Σιμμία, του Λακρατίδα και των άλλων δημαγωγών. Παρατηρείται τότε μία απότομη μεταστροφή του λαϊκού φρονήματος, από εκείνες που συχνά μας παρουσιάζει ο Ελληνικός λαός. Οι Αθηναίοι, που πριν από 6 μήνες είχαν καταδικάσει τον Περικλή, τώρα τον αποθεώνουν. Ακυρώνουν τη δίκη που είχαν κάνει με όλες τις συνέπειές της. Τον ξαναεκλέγουν στρατηγό. Και για να τον τιμήσουν περισσότερο, αναγνωρίζουν με ειδικό ψήφισμα για νόμιμο τέκνο του το γιο που είχε με την Ασπασία και λεγόταν επίσης Περικλής. Το ψήφισμα ήταν απαραίτητο, γιατί σύμφωνα με το Αττικό Δίκαιο τα παιδιά ενός Αθηναίου με ξένη (μέτοικο) δεν ήταν νόμιμα. Αργότερα θα συναντήσουμε το νεώτερο Περικλή στρατηγό των Αθηναίων στη ναυμαχία των Αργινουσών.
Θάνατος του Περικλή.
Τους τελευταίους μήνες του 430 ο Περικλής αναλαμβάνει και πάλι την αρχηγία. Πριν περάσει όμως ένας χρόνο αρρώστησε και πέθανε το καλοκαίρι του 439. Ο Περικλής δεν πέθανε από το λοιμό αλλ’ από μια αρρώστια ηπιότερης μορφής. Ερχόταν με μεγάλο πυρετό που τον βύθιζε σε λήθαργο. Έπειτα γινόταν καλά. Οι βελτιώσεις όμως αυτές δε διαρκούσαν για πολύ. Τελικά οι παροξυσμοί του πυρετού τον οδήγησαν στο μοιραίο. Ο θάνατός του τις στιγμές εκείνες του πολέμου ήταν ανεπανόρθωτο πλήγμα για την Αθήνα και την Ελλάδα.