Οι Αθηναίοι, παρά την απελπιστική κατάσταση που βρέθηκαν έδειξαν και πάλι το θάρρος και την καρτερία που τους χαρακτήριζε στις κρίσιμες περιστάσεις. Εκλέγουν νέους στρατηγούς και με την επίβλεψή τους επισκευάζουν τα τείχη, κλείνουν την είσοδο στα τρία λιμάνια του Πειραιώς και ετοιμάζουν την άμυνα περιμένοντας το Λύσανδρο, που δεν είχε κανένα λόγο να βιάζεται.
Είχε αναθέσει στην «πέμπτη φάλαγγα» τη συνέχεια. Και οι ολιγαρχικοί άρχισαν συστηματικά και πάλι να κινούνται, με αντικειμενικό σκοπό την κατάλυση του πολιτεύματος. Κατόρθωσαν να πείσουν τους Αθηναίους να εκλέξουν πέντε Εφόρους στους οποίους ν’ αναθέσουν το συντονισμό και τη σωτηρία της πολιτείας που κινδύνευε. Οι πέντε αυτοί Έφοροι ήταν από τους αρχηγούς των ολιγαρχικών Εταιρειών και φρόντισαν, με τη βοήθεια και του Θηραμένη που εμφανίστηκε και πάλι στο προσκήνιο, να διευκολύνουν το έργο του Λυσάνδρου και των Σπαρτιατών. Αλλά η αντίσταση των δημοκρατικών Αθηναίων στα σχέδια των ολιγαρχικών εξακολουθούσε να είναι έντονη. Όταν όμως η πείνα και οι αρρώστιες θέριζαν τους κατοίκους, άρχισε να γίνεται συζήτηση για συνθηκολόγηση. Και ο Θηραμένης πέτυχε να πάρη εξουσιοδότηση από το Δήμο για διαπραγματεύσεις με το Λύσανδρο, παρά τις διαμρτυρίες των δημοκρατικών Αθηναίων που μάντευαν τους ύπουλους σκοπούς του. Και αυτός ο Άρειος Πάγος εναντιώθηκε στην αποστολή του Θηραμένη και προσφέρθηκε να κάνη αυτός τις διαπραγματεύσεις. Τελικά, με τη βοήθεια των ολιγαρχικών, ο Θηραμένης εξουσιοδοτήθηκε. Έφυγε με πλοίο από τον Πειραιά, για να βρη το Λύσανδρο που πολιορκούσε τη Σάμο. Ύστερ’ από τέσσερεις μήνες, ο Θηραμένης γύρισε κι’ έφερε την απάντηση. Οι Αθηναίοι έπρεπε ν’ απευθυνθούν στους Εφόρους της Σπάρτης για ειρήνη. Η καθυστέρηση του Θηραμένη ήταν σκόπιμη. Όσο περισσότερο κρατούσε η πολιορκία και υποφέραν οι Αθηναίοι τόσο πιο ενδοτικοί θα ήταν στη συνθηκολόγηση. Και, πραγματικά, στο μεταξύ το ηθικό τους είχε λυγίσει. Οι πέντε Έφοροι είχαν πάρει ουσιαστικά όλη την εξουσία. Με τη βοήθεια των ολιγαρχικών συγκρότησαν ένα παράνομο δικαστήριο από βουλευτές. Το δικαστήριο καταδίκασε σε θάνατο τον Κλεοφώντα, γιατί είχε εμποδίσει την ειρήνη. Αποφασίστηκε συγχρόνως να πάη ο Θηραμένης με μια πρεσβεία στη Σπάρτη για τη συνθηκολόγηση. Εκεί είχαν μαζευτή και συνεδρίαζαν οι σύμμαχοι των Σπαρτιατών για να κρίνουν την τύχη της Αθήνας. Την δίκαζαν «ερήμην». Οι Θηβαίοι και οι Κορίνθιοι πρότειναν την κατεδάφιση και εξαφάνιση της Αθήνας. Να μη μείνη ούτε το όνομά της. Και οι Αθηναίοι να γίνουν ανδρόποδα. Οι Φωκείς και άλλοι εναντιώθηκαν. Και το Δελφικό Μαντείο συνηγόρησε για τη διατήρηση της Αθήνας. Οι Λακεδαιμόνιοι τάχθηκαν με την άποψη του Μαντείου. Δεν έπρεπε «πόλιν Ελληνίδα ανδραποδείν μέγα αγαθόν ειργασμένη εν τοις μεγίστοις κινδύνοις γενομένοις τη Ελλάδι». Περισσότερο από τους ιστορικούς λόγους, η Σπάρτη παρακινήθηκε στην απόφασή της από το δικό της συμφέρον. Η Θήβα τα τελυταία χρόνια άρχισε να γίνεται επικίνδυνος αντίπαλος. Και προκειμένου να την αντιμετωπίσουν οι Σπαρτιάτες, προτιμούσαν να διατηρηθή η Αθήνα, που πάντοτε ήταν εχθρά των Θηβαίων.
Οι όροι που επιβάλαν στους Αθηναίους ήταν βαρύτατοι: Θα γκρέμιζαν τα Μακρά τείχη. Από το στόλο τους θα κρατούσαν μόνο 12 τριήρεις. Η Αθηναϊκή Πολιτεία θα περιοριζόταν στην Αττική. Θα ανακαλούσαν τους φυγάδες ολιγαρχικούς. Και θα ακολουθούσαν, σα σύμμαχοι, τους Λακεδαιμονίους στις εκστρατείες τους. Οι Αθηναίοι αναγκάστηκαν να δεχτούν τους όρους (Απρίλιος 404), οκτώ μήνες μετά την καταστροφή του στόλου των στους Αιγός Ποταμούς, και τον αποκλεισμό της Αθήνας. Σε λίγο το τελευταίο προπύργιο της δημοκρατίας, η Σάμος, θα πέση μετά πολύμηνη αντίσταση. Ο Λύσανδρος, εκτός από τους βαρύτατους όρους που είχε επιβάλει στους Σαμίους, τους υπχρέωσε να μετατρέψουν τις γιορτές που έκαναν προς τιμήν της θεάς Ήρας – τα «Ηραία» – σε … «Λυσάνδρεια». Ζητούσε να θεοποιήση τον εαυτό του! Ο Πλούταρχος αναφέρει ότι ήταν ο πρώτος Έλληνας, που ζήτησε τέτοια τιμή. Ο Πελοποννησιακός πόλεμος είχε τελειώσει. Κράτησε 27 χρόνια από την έναρξή του και 17 από τη Νικίειο Ειρήνη (431 – 404). Ο Θουκυδίδης τον αναφέρει για το μακρότερο και το χειρότερο πόλεμο που αντιμετώπισε η Ελλάς: «μήκος τε μέγα προύβη, παθήματά τε ξενηνέχθη γενέσθαι εν αυτή τη Ελλάδι οία ουχ’ έτερα εν ίσω χρόνω». Στην καταστροφή που βρήκε τους Αθηναίους, το μόνο παρήγορο σημείο ήταν τα πρώτα πλοία που βλέπαν να φθάνουν στον Πειραιά με τρόφιμα για τον πληθυσμό που λιμοκτονούσε…
Δολοφονία του Αλκιβιάδη.
Οι Σπαρτιάτες είχαν αδιαφορήσει για το αθηναϊκό πολίτευμα. Ίσως, γιατί γνώριζαν ότι η μεγάλη πλειοψηφία του λαού ήταν δημοκρατική. Και αφού είχαν εξουδετερώσει την αντίπαλη πόλη, δεν είχαν κανένα λόγο να προκαλέσουν και την έχθρα του πληθυσμού της. Οι Αθηναίοι στις φοβερές αυτές στιγμές άρχισαν να θυμούνται τον Αλκιβιάδη. Ο Δήμος τον ποθούσε, τον μισούσε και τον ήθελε, όπως έγραφε ο Αριστοφάνης στην κωμωδία Βάτραχοι: «Ποθεί μεν, εχθαίρε δε, βούλεται δ’ έχειν». Και ο Αλκιβιάδης άρχισε να γίνεται επικίνδυνος εχθρός για τους ολιγαρχικούς και τη Σπάρτη. Και οι δύο αυτοί αποφάσισαν να τον εξοντώσουν. Ο Λύσανδρος ανάλαβε τα υπόλοιπα. Ζήτησε από τον ηγεμόνα της Χερσονήσου της Θράκης, όπου ήταν εγκατεστημένος ο Αλκιβιάδης, τη σύλληψη και θανάτωσή του. Ο Αλκιβιάδης αναγκάστηκε να φύγη και να πάη στο σατράπη της Φρυγίας Φαρνάβαζο. Ο Πέρσης όμως σατράπης, πιεζόμενος από τους Σπαρτιάτες, έστειλε ανθρώπους του να τον δολοφονήσουν στο χωριό Μέλισσα της Φρυγίας, όπου βρισκόταν με την εταίρα Τιμάνδρα. Οι δολοφόνοι έβαλαν πρώτα φωτιά στο σπίτι που έμενε ο Αλκιβιάδης και καθώς έβγαινε τον χτύπησαν από μακρυά με ακόντια και βέλη. Όταν τον σκότωσαν, πλησίασαν και του κόψαν το κεφάλι, για να το πάνε στο Φαρνάβαζο. Η Τιμάνδρα πήρε το ακέφαλο πτώμα του Αλκιβιάδη, το περιτύλιξε στο ωραιότερο από τα φορέματά της και το έθαψε, όσο επιτρέπαν οι περιστάσεις, «λαμπρώς και φιλοτίμως». Ο Αλκιβιάδης πέθανε (404 π.Χ.) σε ηλικία 43 χρονών. Ο Πλούταρχος μας πληροφορεί ότι κόρη της Τιμάνδρας ήταν η περίφημη εταίρα Λαΐς η Κορινθία.