Ο Καραϊσκάκης, μετά τις νίκες του στη Στερεά Ελλάδα, είχε αρχίσει να περισφίγει τον Κιουταχή που πολιορκούσε την Ακρόπολη. Και είχε εδραιωθεί η πεποίθηση στο στρατόπεδό του ότι σύντομα θα απαλλασσόταν η Αττική από τον τουρκικό στρατό και θα ολοκληρωνόταν ο θρίαμβος του Καραϊσκάκη. Δύο μοιραία σφάλματα υπήρξαν αποφασιστικά στην πορεία των πολεμικών επιχειρήσεων.
Το πρώτο ήταν ο διορισμός του Κόχραν ως αρχιναυάρχου και του Τζωρτζ ως αρχιστρατήγου των ελληνικών δυνάμεων. Εξαίρετοι φιλέλληνες και οι δύο, ήταν όμως εντελώς ακατάλληλοι να διευθύνουν τον πόλεμο που έκανε τότε η Ελλάς. Με το διορισμό του Τζώρτζ ο Καραϊσκάκης έχανε την αποφασιστική πρωτοβουλία στις επιχειρήσεις, που ανήκε πια στο γενικό αρχηγό. Το δεύτερο μοιραίο σφάλμα ήταν η μέχρις αυτοθυσίας προσωπική επέμβαση του Καραϊσκάκη και στις μικρότερες συμπλοκές και αψιμαχίες. Ο Κολοκοτρώνης του είχε γράψει να φυλάγεται «γιατί το βόλι κυνηγάει τους αρχηγούς και αν χανόταν, θα χανόταν και ο αγώνας στη Στερεά Ελλάδα». Ο Καραϊσκάκης δεν άκουγε από τέτοια. Και σε μια αψιμαχία, μεταξύ ακροβολιστών, έτρεξε με το άλογό του να δει τι γινόταν. Ο Καραϊσκάκης πληγώθηκε από μια σφαίρα στο υπογάστριο. Ο τραυματισμός του έγινε εκεί που είναι σήμερα το Μνημείο του στο Νέο Φάληρο. Την άλλην ημέρα (23 Απριλίου 1827), πέθανε από το τραύμα, ανήμερα της γιορτής του στη ναυαρχίδα του Κόχραν που τον είχαν μεταφέρει.
Ο θάνατος του Καραϊσκάκη προκάλεσε κατάπληξη και απογοήτευση στο Πανελλήνιο. Ο Κολοκοτρώνης σαν τον έμαθε «εκάθισε σταυροπόδι και εμοιρολόγησεν ωσάν γυναίκα». Λίγο πριν πεθάνει ο Καραϊσκάκης, κατάλαβε το τέλος του. Και αφού έκανε τη διαθήκη του, είπε στους γύρω του οπλαρχηγούς, στο στόλαρχο Κόχραν και στον αρχιστράτηγο Τζωρτζ: «Μεγάλον βάρος με επεφόρτησεν η Πατρίς δέκα ήδη μήνας, με πολλούς κόπους έκαμα το χρέος μου· δεν με έμενον άλλο παρά η ζωή. Ιδού τώρα και αυτή την παραδίδω εις την Πατρίδα, και δι’ αυτήν αποθνήσκω με ευχαρίστησιν. Οι σύντροφοί μου ας τελειώσουν ό,τι εγώ δεν επρόφθασα να τελειώσω μαζί των· τας Αθήνας να ελευθερώσουν».
Η καταστροφή στη μάχη του Ανάλατου.
Την επομένη του σκοτωμού του Καραϊσκάκη και ενώ όλοι οι στρατιώτες ήταν με πεσμένο ηθικό, από την απώλεια του Αρχηγού, ο Τζωρτζ και ο Κόχραν διατάσσουν γενική επίθεση εναντίον του Κιουταχή. Και η αψυχολόγητη αυτή επιχείρηση γίνεται χωρίς να συγχρονιστεί με επίθεση κατά των Τούρκων των κλεισμένων στην Ακρόπολη ελληνικών δυνάμεων, χωρίς συνοχή και συντονισμό. Έγιναν ακόμη και βασικά σφάλματα στην εξόρμηση και εκτέλεση. Στη μάχη που ακολούθησε (24 Απριλίου 1827) στην τοποθεσία Ανάλατος (όπου σήμερα η Εκκλησία του Άι Σώστη στη λεωφόρο Συγγρού) οι ελληνικές δυνάμεις έπαθαν καταστροφή. Επάνω από 1.000 ήταν οι νεκροί και οι περισσότεροι οπλαρχηγοί τους έπεσαν στη μάχη: ο Λάμπρος Βέικος, οι δύο Τζαβέλα, ο Φώτος Φωτομάρας, ο Νούτσος Τσάτσης, ο Φώτος Βέικος, οι δύο Κοσμάδες, ο Χρήστος Μπέκας, ο Γεώργιος Δράκος, ο Δημήτριος Κουρμούλης, πολλοί αξιωματικοί και στρατιώτες του τακτικού στρατού και πολλοί φιλέλληνες. Στη μάχη είχε πιαστεί αιχμάλωτος και ο Δημήτριος Καλέργης, που αργότερα τον ελευθέρωσαν οι Τούρκοι με λύτρα, αφού του έκοψαν το ένα αυτί.
Παράδοση της Ακροπόλεως στους Τούρκους.
Μετά την καταστροφή του Ανάλατου το ελληνικό στρατόπεδο της Αττικής διαλύθηκε, ο στόλος έφυγε από τον Πειραιά και οι πολιορκημένοι στην Ακρόπολη αφέθηκαν στην τύχη του. Η κατάστασή τους ήταν τραγική. Αρρώστιες, πείνα, έλλειψη πυρομαχικών. Και όμως είχαν απορρίψει όλες τις προτάσεις που τους έκανε ο Κιουταχής, να παραδώσουν το Κάστρο και να τους αφήσει να φύγουν ελεύθεροι. Όταν η κατάσταση έφθασε στο απροχώρητο, οι πολιορκημένοι σκέφθηκαν να κάνουν ηρωική έξοδο, ανάλογη με του Μεσολογγίου, μέσα από τον τουρκικό στρατό. Συγχρόνως ανάθεταν στον Κώστα τον υπονομοποιό να ανοίξει λαγούμια, κάτω από τα μνημεία και τους προμαχώνες, στην Ακρόπολη, για να καταστρέψουν το Κάστρο. Ευτυχώς, που με την επέμβαση του Φαβιέρου, η Ακρόπολη γλύτωσε από τον οριστικό της αφανισμό. Με τη μεσολάβηση του κυβερνήτη ενός αυστριακού βρικίου που βρισκόταν στο Κερατσίνι έγιναν διαπραγματεύσεις μεταξύ του Φαβιέρου και του Κιουταχή, που τέλειωσαν με τη συμφωνία της 24 Μαΐου 1827. Κατά τους όρους της συμφωνίας, τα στρατεύματα θα βγαίναν με τα όπλα κια τα πράγματά τους και θα φεύγαν από το Φάληρο με πλοία. Οι αθηναϊκές οικογένειες που ήταν στην Ακρόπολη θα μπορούσαν να πάνε στα σπίτια τους και στα χωριά τους όπου, κατά τους όρους της συμφωνίας, ο Κιουταχής υποσχόταν να δώσει «τας ιδιοκτηρίας των, ομού και την ασφάλειαν της ζωής των, τιμής των και υπαρχόντων των». Η Ακρόπολη θα παραδινόταν στους Τούρκους σε όποια κατάσταση βρισκόταν. Αυτοί ήταν οι γενικοί όροι της συμφωνίας που είχε υπογράψει με το Φαβιέρο ο «Βεζύρης Μεχμέτ Ρεσήτ πασάς, πληρεξούσιος αρχιστράτηγος, κλπ.». Και η συμφωνία τηρήθηκε. Οι υπερασπιστές του Κάστρου το παραδώσαν και πήγαν με πλοία στη Σαλαμίνα. Η Αθήνα ξαναβρέθηκε κάτω από την τουρκική κυριαρχία. Οι κλεισμένες στην Ακρόπολη οικογένειες σκόρπισαν στα κοντινά νησιά και όπου αλλού μπόρεσαν να βρουν άσυλο. Από τη ναυμαχία της Σαλαμίνος η μοίρα των Αθηναίων ήταν να ξεπατρίζωνται σε μεγάλες στιγμές του Έθνους…
